[发明专利]一种与苏淮猪肌肉滴水损失相关的SNP标记及检测方法

说明书

本发明公开了一种与苏淮猪肌肉滴水损失相关的SNP标记及检测方法。所述SNP标记的位点为国际猪基因组11.1版本参考序列猪6号染色体rs337473375核苷酸位点，且具有C/T多态性。所述SNP标记与苏淮猪肌肉的滴水损失极显著相关(P<0.01)，CC基因型个体滴水损失极显著的低于TT基因型个体。一种用于检测所述SNP标记的引物对，上游引物为：SEQ ID NO：2，下游引物为：SEQ ID NO：3。本发明提供的SNP标记与苏淮猪肌肉的滴水损失极显著相关，可以通过鉴定该SNP标记来筛选滴水损失低的苏淮猪品系，所得的滴水损失低的苏淮猪品系具有重要的经济效益和社会价值。

技术领域

本发明属于分子生物学技术领域，涉及一种与苏淮猪肌肉滴水损失相关的 SNP标记及检测方法。

背景技术

肉的持水力是指当肌肉收到外力作用，例如：加压、切碎、加热、冷冻、贮存、加工等，保持其原有水分的能力。持水力的表示方法很多，如滴水损失(drip loss)、蒸煮损失(cooking loss)、离心损失(purge loss)等。猪肉的持水力是衡量其品质和经济价值的一项重要指标。持水力的高低直接关系到肉及其制品的质地、弹性、嫩度、口感以及出品率等。

滴水损失指的是在不施加任何外力，只受重力作用下，蛋白质系统的液体损失量，称贮存损失或自由滴水。它能较好地模拟鲜肉在自然吊挂以及贮存销售过程中水分的流失状况，更能反应生产过程中水分的流失状况，因此在冷却肉生产中用得最多。滴水损失过程中除了会使可销售产品品质损失以外，同时也会引起重要蛋白质的损失，因此鉴别影响苏淮猪肌肉滴水损失的基因位点，利用分子标记辅助选育技术降低苏淮猪肌肉的滴水损失性状具有重要意义。

苏淮猪由淮安市淮阴种猪场、南京农业大学、江苏省畜牧总站和淮安市农业委员会等单位于1998年开始培育，2011年3月25日获得国家畜禽遗传资源委员会新品种授权，证书为“(农01)新品种证字第18号”。苏淮猪是在新淮猪基础上再导入大白猪血统，通过横交、多世代选育而成，含淮猪血统25％，大白猪血统75％。研究发现，苏淮猪肌肉滴水损失平均值为(1.83±0.07)％(Mean±SE， N＝301)，变异系数为67.88％，而中国地方猪的持水力较强，滴水损失总的平均水平为0.8％。由此可见，苏淮猪肌肉滴水损失性状仍有较大的选育改善空间。

发明内容

本发明的目的在于提供与苏淮猪肌肉滴水损失相关的SNP标记并将其开发为分子标记。

本发明的另一个目的在于提供用于检测上述SNP标记的引物对和检测方法。

本发明的另一个目的在于提供上述SNP标记的用途。

一种开发与苏淮猪肌肉滴水损失性状相关的分子标记的方法，以含有国际猪基因组11.1版本参考序列猪6号染色体rs337473375核苷酸位点的核苷酸序列为基础序列，设计引物对，以苏淮猪基因组DNA为模板进行PCR扩增，使国际猪基因组11.1版本参考序列猪6号染色体rs337473375核苷酸位点转化为分子标记。

所述的引物对序列为上游引物：SEQ ID NO：2，下游引物：SEQ ID NO：3。

按照上述的方法得到的分子标记。

所述的分子标记序列优选如SEQ ID NO：1所示，所述的国际猪基因组11.1 版本参考序列猪6号染色体rs337473375核苷酸位点在SEQ ID NO：1中位于第 166位，存在C/T多态性。

一种用于检测与苏淮猪肌肉滴水损失性状相关的SNP标记的引物对，上游引物为：SEQ ID NO：2，下游引物为：SEQ ID NO：3；所述的与苏淮猪肌肉滴水损失性状相关的SNP标记位于猪6号染色体上的MAMSTR基因的核苷酸序列上，所述SNP标记的位点为国际猪基因组11.1版本参考序列猪6号染色体 rs337473375核苷酸位点的分子标记，且具有C/T多态性，所述SNP标记与苏淮猪肌肉滴水损失极显著相关。