[发明专利]与玉米抗灰斑病主效QTL-qRgls1共分离的SNP标记及应用

权利要求书

1.与玉米抗灰斑病主效QTL-qRgls1共分离的SNP标记，其特征在于，所述SNP标记选自标记SNP1-SNP3中的至少一个，所述标记SNP1-SNP3的核苷酸序列分别如SEQ ID NO:5-7所示；其中，标记SNP1的第81位碱基为多态性位点，标记SNP2的第98位碱基为多态性位点，标记SNP3的第118位碱基为多态性位点，所述标记SNP1-SNP3的多态性位点分别为G或T、A或C、C或T。

2.与玉米抗灰斑病主效QTL-qRgls1共分离的SNP标记组合，其特征在于，由标记SNP1-SNP3组成，其中，所述标记SNP1-SNP3的定义同权利要求1中所述。

3.用于检测权利要求1所述SNP标记的KASP引物，其特征在于，所述引物如下：

。

4.含有权利要求3所述引物的检测试剂或试剂盒。

5.权利要求1所述SNP标记、权利要求2所述SNP标记组合、权利要求3所述KASP引物或权利要求4所述检测试剂或试剂盒在玉米抗灰斑病主效QTL-qRgls1基因分型中的应用。

6.权利要求1所述SNP标记、权利要求2所述SNP标记组合、权利要求3所述KASP引物或权利要求4所述检测试剂或试剂盒在鉴定或筛选抗灰斑病玉米材料中的应用。

7.权利要求1所述SNP标记、权利要求2所述SNP标记组合、权利要求3所述KASP引物或权利要求4所述检测试剂或试剂盒在玉米分子标记辅助育种中的应用。

8.鉴定含有主效QTL-qRgls1的玉米种质资源的方法，其特征在于，包括以下步骤：

1)提取待测玉米基因组DNA作为模板；

2)向步骤1)的模板中加入特异的KASP Primer mix和通用的KASP Master mix，进行PCR扩增；

3)采用荧光检测仪分析PCR扩增产物；

其中，所述KASP Primer mix中含有三种特异性引物：正向引物1、正向引物2和反向引物，它们的定义同权利要求3中所述；并且，所述正向引物1和正向引物2的5’端分别添加不同的标签序列；

所述KASP Master mix包含如下各组分：通用的FRET cassette荧光引物，ROX内参染料，KlearTaq DNA聚合酶，dNTP和MgCl₂。

9.根据权利要求8所述的方法，其特征在于，步骤(2)中采用的PCR反应体系如下：DNA模板0.8μl，KASP Master mix和KASP Primer mix混合液0.8μl；

其中，所述混合液是由100μM KASP Master mix和2×KASP Primer mix按体积比35:1混合而成；

所述KASP Primer mix中正向引物1、正向引物2和反向引物的浓度分别为12μM、12μM和30μM。

10.根据权利要求8或9所述的方法，其特征在于，步骤(2)中采用的PCR反应条件如下：94℃预变性15分钟；第一步扩增反应，94℃变性20秒，61℃～55℃退火并延伸60秒，10个Touch Down循环，每个循环退火及延伸的温度降低0.6℃；第二步扩增反应，94℃变性20秒，55℃退火并延伸60秒，26个循环。