[发明专利]一组用于CBA/CaJ近交系小鼠遗传质量监控的SNP位点及其引物组合和应用

说明书

本发明属于近交系小鼠品系遗传背景鉴定与遗传污染检测领域，涉及一组用于CBA/CaJ近交系小鼠遗传质量监控的SNP位点及其引物组合和应用。该SNP位点包括10个针对CBA品系的特异性识别位点、70个识别除CBA外某品系的特征位点以及16个通用性位点，综合96个SNP位点结果，能够精确反映被试小鼠个体与特定小鼠近交系背景的吻合程度，全面地检测被试小鼠个体基因组的遗传性状及变异情况，实现小鼠遗传质量状态监控及实验稳定性质量监控。本发明还对SNP引物在后续检测中优化反应条件，确保检测灵敏、特异、高效。此外，本发明对10个特异性位点还设计了多套引物，以便根据不同的检测需求和具体的检测条件进行选用。

技术领域

本发明属于近交系小鼠品系遗传背景鉴定与遗传污染检测领域，特别涉及一组用于CBA/CaJ近交系小鼠遗传质量监控的SNP位点及其引物组合。

背景技术

用于实验动物遗传背景质量控制检测的方法主要有3类：生化标记分析法、微卫星DNA、SNP(单核苷酸的多态性)检测等。目前国际所规定的遗传检测方法是生化标记分析法，这一方法是检测同工酶或异构蛋白酶的变化来推测相应的基因变化；使用此方法进行检测，存在准确度低、灵敏度低、检测位点有限、反映遗传概貌有限等方法缺陷。分子遗传标记可以对实验动物进行更精细的基因分析，是一种更加完善的实验动物质量检测手段；其中SNP检测作为分子遗传标记的有效技术手段，在基因组水平上检测由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性，即SNP所表现的多态性。这一方法可以监测到单个碱基的变异，具有密度高、代表性强、遗传稳定性等特点，能够全面地反映被试个体基因组的遗传及变异情况。

KASP法是竞争性等位基因特异性PCR(Kompetitive Allele Specific PCR)的简称，该方法在高灵敏度荧光检测的基础上，对目标SNPs进行双等位基因的精准分型。与传统Taqman荧光标记技术不同的是，此种方法无需对靶点即特异性引物/探针进行标记，不需要根据每个SNP位点合成特异的荧光引物，其独特的ARM PCR原理，让所有的位点检测最终都使用通用荧光引物扩增，大大降低了实验成本。优化的PCR体系可满足不同位点高通量反应的需求，既有金标准的准确，又降低了使用成本，保持了高通量检测的便利，比Taqman具有更好的位点适应性。KASP技术将传统检测等位基因的2个反应合成了1个反应，成本更低。SNPs检测不但弥补了传统检测流程需要完成PCR、切胶回收、测序比对等复杂流程耗时较长的缺点，而且大大节省了测序的费用，实现了成本的有效控制。

中国专利ZL2018104752119，一种近交系遗传质量监控的SNP快速检测方法和SNP位点及其引物，该专利提供了一种SNP快速检测方法，但是该方法无法针对性地确定某个品系(如CBA/CaJ小鼠)的SNP检测位点；此外关于同一个位点可以有很多不同的引物，即使确定了位点，也不能保障后续的引物都可以正常应用，更不能保证检测结果特异且检测信号好，所以得到引物后续反应条件也需要进一步的优化。此外，关于特定品系的特异性位点无法提供备选引物。

发明内容

针对现有技术中存在的缺点与不足，本发明提供了一组用于CBA/CaJ近交系小鼠遗传质量监控的SNP位点及其引物组合和应用，在全基因组范围内，针对特定近交系小鼠品系(CBA/CaJ)的遗传多态性展开检测；在这一检测组合中，每一个检测点都能分别检测出样本与两个特定小鼠品系是纯合，杂合或无关联性/检测阴性；且检测的各样本点均匀分布于特定近交系小鼠的基因组中。综合96个位点结果，能够精确反映被试小鼠个体与特定小鼠近交系背景的吻合程度，全面地检测被试小鼠个体基因组的遗传性状及变异情况，从而建立一种高效快速检测实验动物遗传稳定性的方法，实现小鼠遗传质量状态监控及实验稳定性质量监控。

本发明在全基因组范围内筛选出了一套高效、CBA特异性的SNP位点组合(共96个位点)及其引物，可用于快速检测CBA近交系小鼠的遗传背景，并对相关品系遗传质量状态进行监控。

本发明解决其技术问题所采用的技术方案是：