[发明专利]检测SMN1和SMN2基因突变的方法、引物及应用

说明书

本发明公开了用于检测脊髓性肌萎缩症相关致病基因SMN1和SMN2纯合缺失突变的引物，包括扩增SMN1和SMN2的c.835‑44,c.840,INS7+100,INS7+215,*239位点的引物；采用Sanger测序技术，可用于快速检测脊髓性肌萎缩症患者体内c.835‑44,c.840,INS7+100,INS7+215,*239位点突变情况。利用本发明完成的检测结果准确，对脊髓性肌萎缩症的早期筛查有重要的参考意义。

技术领域

本发明属于生命科学和生物技术领域，特别涉及检测SMN1和SMN2基因的c.835-44,c.840,INS7+100,INS7+215,*239位点突变的引物、方法和试剂盒。

背景技术

脊髓性肌萎缩症(Spinal Muscular Atrophy,SMA)是一种常染色体隐性遗传的神经肌肉病,临床特征是脊髓前角细胞变性退化、导致对称性肌无力和肌萎缩，为一种常见的运动神经元疾病，主要表现为肌肉萎缩、肌张力低、腱反射减弱、病理征阴性，目前尚无有效治疗手段。SMA通常根据疾病严重程度与发病年龄分为三个亚型：I型患者在出生时或在6个月之前开始发病，不能独自坐或走路，并且通常在两年内死于呼吸功能不全；II型患者在6个月之后发病，可以独坐但在没有任何辅助设备帮助的情况下不能走路，并且寿命会大大减少：III型患者通常在1岁半后发病，可以独立地坐或走路，但在青春期或成人后一般行走能力有所退步，需要靠轮椅行动。

SMA在人群中的携带率约为1/35-1/50左右，发病率约为1/6000-1/10000左右。目前遗传学已经确认，SMA主要与两个高度同源(两个基因的序列非常相似)的基因SMN1和SMN2密切相关，SMN1与SMN2在序列上仅有5个碱基的差别，主要通过7号外显子和8号外显子上的两个位点进行区分。94％的SMA患者是由于SMN1基因的缺失造成，而SMN2则被认为是SMN1的修饰基因，其突变不直接造成SMA表型，但是其拷贝数和SMA病情严重程度相关。

一般来说，大部分正常个体都有2份拷贝的SMN1基因与2份拷贝的SMN2基因，SMN2基因由于第7外显子上c.840位点C/T碱基的差异，表达的蛋白大部分会发生外显子7的跳跃，只有少量的全长SMN mRNA，也就是说SMN2表达的蛋白中只有10％为全长蛋白，所以如果某个人两份拷贝的SMN1基因都失去功能的话一定会患病，而只有一份SMN1基因起作用的个体为携带者，在SMN1基因都失去功能的情况下，SMN2基因拷贝数数目，则会影响患者的发病时间与疾病严重程度。

由于目前对于SMA的发病患者来说没有有效的治疗方案，对于SMA的防治手段主要靠早期筛查。而本发明所述的检测方法可以针对有家族SMA史的人进行SMA致病基因的产前筛查，可以检测出受检者是否发生SMN1纯合缺失，从而有效控制患儿的出生。

发明内容

本发明的目的在于提供检测SMA患者c.835-44,c.840,INS7+100,INS7+215,*239位点突变情况的引物，包括：

两对扩增SMN1和SMN2的c.835-44,c.840,INS7+100,INS7+215,*239位点的引物，其碱基序列为：

SMN-7-F：TGTAAAACGACGGCCAGTCAAGTGATCCCCCTACCTCC

SMN-7-R：AACAGCTATGACCATGATTAGAACCAGAGGCTTGACGA

SMN-8-F：TGTAAAACGACGGCCAGTTCGTCAAGCCTCTGGTTCTAA

SMN-8-R：AACAGCTATGACCATGCTGTCTCAAAAACAAACAAAAATA。

进一步地，还包括一对测序引物，其碱基序列为：

M13F：TGTAAAACGACGGCCAGT