[发明专利]一种编码SCN1A基因突变体的核酸及其应用

说明书

本发明公开了一种编码SCN1A基因突变体的核酸及其应用，属于基因工程技术领域。该突变体与野生型相比，具有c.79_82del杂合突变，其编码的多肽的氨基酸序列具有p.Arg27Alafs*64突变。通过检测该新突变体是否存在，可有效筛选出易患SCN1A相关癫痫的生物样品。本发明的检测方法快速、准确、高效。

技术领域

本发明属于基因工程技术领域，具体涉及一种编码SCN1A基因突变体的核酸及其应用。具体地，本发明涉及分离的编码SCN1A突变体的核酸、分离的SCN1A突变体多肽、含SCN1A突变体核酸的重组细胞，以及筛选易患SCN1A相关癫痫的生物样品的方法。

背景技术

在所有已知的癫痫相关基因中，SCN1A基因是人类癫痫最常见的突变基因，被称为“超级罪犯基因”。SCN1A基因突变可引起一系列以癫痫为主要表现的综合征，统称为SCN1A相关癫痫。SCN1A相关癫痫的疾病谱广泛，从轻症的单纯性热性惊厥(FS)和全面性癫痫伴热性惊厥附加症，到重症的Dravet综合征和全面性强直阵挛发作的儿童难治性癫痫(ICE-GTC)。Dravet综合征等难治性癫痫的表型通常与渐进性痴呆有关；不常见的表型还包括站立不能的肌阵挛性癫痫(MAE或Doose综合征)、Lennox-Gastaut综合征(LGS)、婴儿痉挛症、与疫苗相关的脑病和癫痫。即使在同一个家庭，SCN1A相关癫痫患者的表现可截然不同。鉴于SCN1A相关癫痫的临床表现多样，因此，发现并确定SCN1A基因上的致病突变对于疾病筛查、早期诊断、治疗、预后判断十分重要。

虽然已经发现了SCN1A基因的一些突变会导致SCN1A相关癫痫，但是仍有许多患者病因未明。该基因上的新突变被不断发现，并有可能是导致该SCN1A相关癫痫的病因，但判断这些新突变的致病性还需要更多的临床证据支持。

因而，目前对SCN1A相关癫痫，尤其是发现SCN1A的新致病突变，建立基因突变位点与临床表型的相关性，以及基因突变的检测方法仍有待深入。

发明内容

本发明的目的在于提供一种SCN1A基因突变体，并提出一种能够有效筛选易患SCN1A相关癫痫的生物样品的方法。

本发明是基于发明人的下列工作完成的：

根据国际癫痫医学领域的最新研究进展，研究癫痫致病基因和致病突变常采用第二代测序法分析癫痫相关基因或全基因组的外显子序列。第二代测序是利用设计的DNA序列探针将目标基因或全基因组中的外显子区域捕获下来，然后针对每个外显子进行深度测序。利用该技术流程寻找癫痫类疾病致病基因的研究已成研究热点。Zhou等(Zhou P,He N,Zhang J W,et al.Novel mutations and phenotypes of epilepsy-associated genesin epileptic encephalopathies[J].Genes BrainBehavior,2018(Suppl 2):e12456.)利用第二代测序技术发现35名Dravet综合征患者携带SCN1A致病突变，并发现多个致病新变异。Liu等(Liu J,Tong L,Song S,et al.Novel and de novo,mutations in pediatricrefractory epilepsy[J].Molecular Brain,2018,11(1):48.)利用第二代测序技术发现了11个与Dravet综合征相关的SCN1A基因变异新位点。由此可见，第二代测序技术正在推动SCN1A相关癫痫诊断及其机制研究的迅速发展。

因而，发明人针对一个癫痫患儿及其双亲，采用福建福君基因生物科技有限公司提供的癫痫相关的446基因panel，通过目标区域捕获的高通量第二代测序技术，并联合Sanger测序验证的方法进行致病突变挖掘和验证，最终确定了SCN1A相关癫痫的一个新的杂合致病突变位点——SCN1A基因的c.79_82del突变。