[发明专利]一种与肉鸡生长性状相关的分子标记选育肉鸡的方法及其应用

说明书

本发明属于生物分子标记技术领域，具体涉及一种与肉鸡生长性状相关的分子标记选育肉鸡的方法及其应用，该方法具体的为：(1)提取被检肉鸡血液DNA；(2)以被检肉鸡的基因组DNA为模板，根据目的基因引物SMOX和内参基因引物VIM进行实时荧光定量PCR；(3)计算被检个体的△Ct值，△Ct＝Ct(VIM)‑Ct(SMOX)，根据△Ct范围进行选育。本发明方法针对具有优势基因型的个体进行直接选择，较之传统的表型选择更加的精确，选择后相应的位点不会出现分离的情况，对于选育体重性状优异的肉鸡具有重要的价值。

技术领域

本发明属于生物分子标记技术领域，具体涉及一种与肉鸡生长性状相关的分子标记选育肉鸡的方法及其应用。

背景技术

生长性状是肉鸡生产中的重要经济性状之一，是受微效多基因控制的。传统的育种手段是通过表型对生长性状进行选择，由于传统的表型选育方法不是直接针对于控制生长性状的基因位点进行选择，所以选择的准确性会相对较低，且后代容易分离。如果直接针对相关的位点进行分子标记辅助选择，可一次性准确选育出优势个体，加快育种进展。

发明内容

本发明主要提供了一种与肉鸡生长性状相关的分子标记选育肉鸡的方法及其应用，该方法针对具有优势基因型的个体进行直接选择，较之传统的表型选择更加的精确，选择后相应的位点不会出现分离的情况，对于选育体重性状优异的肉鸡具有重要的价值。其技术方案如下：

申报人前期使用Illumina chicken 60K SNP芯片(共57,636个标记)对杏花鸡与隐性白洛克鸡全同胞家系F2代资源群(554个个体)进行全基因组扫描。扫描结果发现鸡基因组4号染色体上一个CNV存在单拷贝缺失(GGA4:88972112-89031935)。NCBI查询发现，该区域存在SMOX基因。关联分析结果显示该拷贝数变异和肉鸡各阶段的生长速度极显著相关。该变异是第一次鉴定到，且是第一次鉴定到其与肉鸡生长性状极显著相关。具体方案如下：

一种与肉鸡生长性状相关的分子标记选育肉鸡的方法，包括以下步骤：

(1)提取被检肉鸡血液DNA；

(2)以被检肉鸡的基因组DNA为模板，进行实时荧光定量PCR，目的基因引物SMOX序列为：

正向引物F:5’-TGGACAAGTCCTGGAAGCATCT-3’，如序列SEQ ID NO：1所示，

反向引物R:5’-CAAGGGGTTGGACCAGAGACC-3’，如序列SEQ ID NO：2所示；

内参基因引物VIM序列为：

正向引物F:5’-GAGCGCCAGATGCGTGAAAT-3’，如序列SEQ ID NO：4所示，

反向引物R:5’-GCAGGTCCTGGTACTCACG-3’，如序列SEQ ID NO：5所示；

(3)计算被检个体的△Ct值，△Ct＝Ct(VIM)-Ct(SMOX)；

(4)将△Ct0.5的个体判定为CNV1型，将△Ct0.8个体判定为CNV2型，0.8≥△Ct≤0.5个体不予判定基因型，最终选育CNV2型的肉鸡。

优选的，步骤(2)中PCR反应体系包括：SYBR Premix Ex Taq、ROX Reference Dye(50x)、目的基因引物、内参基因引物、DNA模板、ddH₂O。

优选的，步骤(2)中PCR反应程序为：94℃变性5s，94℃5s，58℃5s，72℃5s，32次循环；72℃延伸10min，得到PCR扩增产物。

优选的，步骤(1)中采用苯酚-氯仿抽提法提取被检肉鸡血液DNA。

采用上述方案，本发明具有以下优点：