[发明专利]一种TrpRS抑制剂的筛选方法有效
| 申请号: | 201811428194.X | 申请日: | 2018-11-27 |
| 公开(公告)号: | CN111220811B | 公开(公告)日: | 2023-09-15 |
| 发明(设计)人: | 山广志;王冉;杨兆勇;吕广新;朱志玲;樊帅;李丹阳;左利民;赵婷;仇小丹;张硕;李卓荣 | 申请(专利权)人: | 中国医学科学院医药生物技术研究所 |
| 主分类号: | G01N33/94 | 分类号: | G01N33/94;G01N33/68;G01N21/552 |
| 代理公司: | 北京知元同创知识产权代理事务所(普通合伙) 11535 | 代理人: | 牛艳玲 |
| 地址: | 100050*** | 国省代码: | 北京;11 |
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| 摘要: | |||
| 搜索关键词: | 一种 trprs 抑制剂 筛选 方法 | ||
1.一种TrpRS抑制剂的筛选方法,其特征在于,所述筛选方法以TrpRS蛋白为靶标,联合使用iTC(等温滴定量热)和SPR(表面等离子体共振)进行筛选,所述筛选方法包括如下步骤:
(1)建立稳定的等温滴定量热检测体系,确定TrpRS蛋白与阳性化合物结合的亲和力KD值以及TrpRS蛋白的活性;
(2)将TrpRS蛋白通过氨基偶联的方式固定在SPR芯片上,将阳性化合物的溶液和阴性化合物的溶液分别流经芯片表面,检测阳性化合物与TrpRS蛋白的结合信号,得到亲和力KD值,并与步骤(1)中iTC亲和力KD值进行对比,若步骤(1)的KD值与步骤(2)的KD值的比值在1/20-2之间,则确认SPR筛选模型成立;
(3)将单浓度阳性化合物的溶液和待筛选化合物的溶液分别流经芯片表面,测定结合信号,将待筛选化合物和TrpRS蛋白的结合信号与单浓度阳性化合物和TrpRS蛋白的结合信号进行比较,筛选出产生结合信号大于所述单浓度阳性化合物所产生结合信号的1/3的化合物;
(4)将步骤(3)中筛选得到的化合物配制成系列浓度溶液流经芯片表面进行亲和力KD值测定,并与步骤(2)中测定得到的阳性化合物的亲和力KD值进行对比,筛选出与TrpRS蛋白具有较好结合力的活性化合物;
所述阳性化合物选自由创新霉素、吲哚霉素和色氨酸组成的组中的一种或多种;所述阴性化合物选自由丙氨酸、精氨酸、亮氨酸、丝氨酸、谷氨酸、甲硫氨酸和组氨酸组成的组中的一种或多种。
2.根据权利要求1所述的TrpRS抑制剂的筛选方法,其特征在于,若步骤(1)的KD值与步骤(2)的KD值的比值在1/15-1之间,则确认SPR筛选模型成立。
3.根据权利要求1所述的TrpRS抑制剂的筛选方法,其特征在于,若步骤(1)的KD值与步骤(2)的KD值的比值在1/10-1之间,则确认SPR筛选模型成立。
4.根据权利要求1所述的TrpRS抑制剂的筛选方法,其特征在于,所述TrpRS蛋白的氨基酸序列如SEQ ID NO:1所示。
5.根据权利要求1所述的TrpRS抑制剂的筛选方法,其特征在于,所述SPR芯片为CM5芯片。
6.根据权利要求5所述的TrpRS抑制剂的筛选方法,其特征在于,步骤(2)中,用于偶联的TrpRS蛋白的浓度至少为10μg/ml,TrpRS蛋白偶联量为使响应信号至少为4000RU,使用pH为5.5的醋酸钠缓冲液为偶联缓冲液将TrpRS蛋白固定在CM5芯片上。
7.根据权利要求6所述的TrpRS抑制剂的筛选方法,其特征在于,步骤(2)中,用于偶联的TrpRS蛋白的浓度为20-30μg/ml。
8.根据权利要求7所述的TrpRS抑制剂的筛选方法,其特征在于,步骤(2)中,用于偶联的TrpRS蛋白的浓度为20μg/ml。
9.根据权利要求6所述的TrpRS抑制剂的筛选方法,其特征在于,步骤(2)中,TrpRS蛋白偶联量为使响应信号在4000-6000RU之间。
10.根据权利要求1-5中任一项所述的TrpRS抑制剂的筛选方法,其特征在于,步骤(2)中,将阳性化合物和阴性化合物分别配制成系列浓度溶液流经芯片表面,使用含5%DMSO的PBS缓冲液配制阳性化合物的溶液和阴性化合物的溶液。
11.根据权利要求1-5中任一项所述的TrpRS抑制剂的筛选方法,其特征在于,步骤(3)中,在筛选前先运行系列浓度的阳性化合物,在筛选完成后再次运行系列浓度的阳性化合物,筛选过程中用单浓度阳性化合物和阴性样品作为质控点进样。
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