[发明专利]与小麦株高主效基因位点紧密连锁的KASP分子标记及其应用

说明书

本发明公开了一种与小麦株高主效基因位点紧密连锁的KASP标记及其应用，所述小麦株高主效基因位点位于小麦2DS染色体臂上，命名为QPh‑2DS，与其紧密连锁的KASP分子标记为AX‑111021196和AX‑111561744，所述QPh‑2DS定位在KASP分子标记AX‑111021196和AX‑111561744之间的0.917 Mb区间内；利用本发明提供的两个KASP标记AX‑111021196和AX‑111561744对4个环境条件下179个小麦品种或品系的株高进行了验证，其结果完全符合预期。本发明提供的KASP标记具有快速、简便、特异性高和准确性好等特点，可在较短时间内完成大批量材料中该株高主效基因位点的筛选和表型预测工作。

技术领域

本发明涉及生物技术和分子育种领域，具体地说是一种与小麦株高主效基因位点紧密连锁的KASP分子标记及其应用。

背景技术

小麦是世界上最主要的粮食作物之一，也是我国第二大粮食作物，其高产、稳产直接影响到我国人们生活水平和国家粮食安全。而小麦株高不仅影响产量潜力，而且与抗倒伏性密切相关，调控株高以提高抗倒伏性一直是小麦重要的育种目标。

分子标记辅助选择育种技术，是利用控制目标性状位点/基因连锁的分子标记，通过分子生物学检测基因分型，达到对目标性状选择的目的；其优点是简单快速，不受环境及环境互作的影响，能够快速且高效的选育出目标资源材料。

单核苷酸的多态性（SNP，Single Nucleotide Polymorphisms），是指在基因组上单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性，包括转换（transition）、颠换（transversion）、缺失（deletion）和插入（insertion）。SNP标记主要有以下特点：1、数量多，分布广泛；2、适于快速、规模化筛查；3、等位基因频率的容易估计；4、易于基因分型。

KASP（竞争性等位基因特异性PCR，即Kompetitive Allele-Specific PCR）技术是目前国内外主流的基因分型方法之一。该技术是基于引物末端碱基的特异匹配来对SNP位点进行精准的双等位基因判定。该项技术优点是：其一，只要合成两个通用荧光探针，两个通用淬灭探针，再加合成多个针对具体位点的SNP-PCR引物，就可以检测许多位点；其二，因为荧光探针和淬灭探针都很贵，KASP方法相比于原来的Taqman方法，可以通过通用荧光探针来代替针对位点的荧光探针，无需昂贵的双色标记探针，大大节约了成本。KASP技术可以在短时间内准确判断分子标记类型，且平均基因分析的误差较低，具有极高的分析稳定性和准确度，还可以显著降低反应成本，增加灵活性和缩短分析时间，尤其在大规模标记检测工作中具有明显优势，可实现高通量育种平台检测。因此，研究调控株高的基因，获得与株高基因紧密连锁的KASP分子标记，对小麦株高主效基因位点进行定位和检测，有效调控小麦的株高类型，选育预期株高类型的小麦新品种，对提高小麦产量具有极其重大的意义。

发明内容

本发明的目的是提供一种与小麦株高主效基因位点紧密连锁的KASP分子标记及其应用，以利用该分子标记对小麦株高主效基因位点QPh-2DS进行定位和检测，在小麦选育中对其亲本进行有目的地选择，为选育目标株高类型的小麦新品种提供了指导依据。

本发明是通过以下方法实现的：与小麦株高主效基因位点紧密连锁的KASP分子标记，所述小麦株高主效基因位点位于小麦2DS染色体臂上，命名为QPh-2DS，与其紧密连锁的KASP分子标记为AX-111021196和AX-111561744，所述QPh-2DS定位在KASP分子标记AX-111021196和AX-111561744之间的0.917 Mb区间内；