[发明专利]一种用于鉴定Arthrobacter sp.2菌株的引物及其应用

说明书

本发明公开了一种用于鉴定Arthrobacter sp.2菌株的引物及其应用，包括SEQ ID NO 1～4所示的任意一种核苷酸序列，及SEQ ID NO 5～12所示的引物。本发明通过过生物信息学手段进行前期分析，简化了整个实验过程，高效率地获得了目的微生物菌株的特异性核酸序列，实验结果的可重现性极高引物能快速高效实现Arthrobacter sp.2菌株鉴定，具有较好的应用前景。

技术领域

本发明属于微生物信息学技术领域，具体涉及一种用于鉴定Arthrobacter sp.2菌株的引物及其应用。

技术背景

对于亲缘关系较近微生物的鉴别一直是微生物育种学家，特别是进行植物促生菌研究的专家的一项重要工作。以传统的以形态、生理生化特性为基础的鉴别方法具有很多缺陷，例如：同一个属内的微生物的形态、生理生化特性基本相似，难以鉴别。

随着分子生物学和生物信息学技术的发展，以及越来越多的微生物基因组测序的完成，以DNA片段作为鉴别物种的分子标记的各种方法不断发展出来。这些技术具有特异性强、准确率高、可重复性强、时间短等特点，已经广泛应用于各类治病微生物、环境微生物等的分析鉴定中。而这些技术对针对特定种属的高度特异性的核酸序列，很难区分同一种属内的不同菌株，针对某一特定目标微生物的特异性核酸序列筛选存在一定的难度。

发明内容

本发明的目的是提供一种用于鉴定Arthrobacter sp.2菌株的引物及其应用，以解决现有技术中同一种属不同菌株鉴定困难的问题。

为解决上述技术问题，本发明采用如下技术方案：

一种用于鉴定Arthrobacter sp.2菌株的寡核苷酸片段，包括SEQ ID NO 1～4所示的任意一种核苷酸序列。

一种用于鉴定Arthrobacter sp.2菌株的引物，以SEQ ID NO 1～4任一所示的核苷酸序列为模板，设计得到的引物。

作为优选，包括如下引物对中的任意一对：

A2Fw3：ACAGGAAACGGAAATCGTTG，A2Rv3：GTTCTTCCTGCGAAGCTCAT；

或者：

A2Fw4：TTTTTCTCGGCGTCCATATC，A2Rv4：TGTTCCAGTGGTGCTTTGTC；

或者：

A2Fw5：TTCCCGCAGACCAGTTTATC，A2Rv5：GCACTATTATCCGCGTTCGT；

或者：

A2Fw6：TGGAGCAGGGACTTAGATGG，A2Rv6：TACATGGGCTCGGTGTATCC。

上述用于鉴定Arthrobacter sp.2菌株的寡核苷酸片段在鉴定Arthrobactersp.2菌株中的应用在本发明的保护范围之内。

上述用于鉴定Arthrobacter sp.2菌株的引物在鉴定Arthrobacter sp.2菌株中的应用在本发明的保护范围之内。

上述的用于鉴定Arthrobacter sp.2的菌株的寡核苷酸片段的筛选方法，该方法包括如下步骤：

(1)获得Arthrobacter sp.2的全基因序列；

(2)利用splitter在线软件的电子剪切技术，将Arthrobacter sp.2菌株的基因组序列剪切成含100～500bp重叠区的200～1500bp核酸小片段；所述splitter在线软件的网址为：http://www.bioinformatics.nl/emboss-explorer/。