[发明专利]基于全长转录组测序开发的姜荷花多态性SSR引物及试剂盒

说明书

本发明公开了一种基于全长转录组测序开发的姜荷花多态性SSR引物及试剂盒。所述引物包括20对引物，如SEQ ID NO.1‑SEQ ID NO.40所述，一种鉴定姜荷花亲缘关系的试剂盒包括所述的引物。本发明提供的20对引物可以应用于更多的姜荷花品种和品种内群体间，进行品种鉴定、种质资源遗传多样性和亲缘关系的分析，还可应用于姜荷花的发分子标记辅助育种。

技术领域

本发明涉及SSR引物，具体的说是基于全长转录组测序开发的姜荷花多态性SSR引物及试剂盒，属于生物技术领域。

背景技术

姜荷花原产于泰国，具有花型独特、花色艳丽、花期长、瓶插寿命长的特点，由于不育苞片形似荷花且为姜科，故称为姜荷花，具备荷花和郁金双重之美，又称热带郁金香(summer tulip)。近些年，我国也引进了姜荷花，并逐渐应用在切花、盆花和园林花镜上。由于姜荷花是新型花卉且观赏性高深受人们喜爱，越来越多的国外品种被引进，许多种质资源在国内被驯化得日益适应国内气候环境。众多的品种资源存在同物异名、同名异物以及品种间亲缘关系不清的问题，给品种收集、保存和利用带来影响，不利于后续姜荷花新品种培育工作的展开。因此开发多态性分子标记深入了解品种间关系，对于后续开展姜荷花种质资源创新工作是必要的。

随着分子生物学的发展，分子标记技术广泛应用于种质资源遗传多样性和辅助育种工作中。ISSR、RAPD、AFLP等显性标记尽管有无需知道基因组信息，成本低的优点，但是随机性强，稳定性差。与其他分子标记相比，SSR标记具有共显性、重复性好的优点，是目前进行遗传多样性分析和遗传图谱构建等的首选。

目前姜荷花的SSR应用很少，还没有专门针对该物种开发的SSR标记，仅有的一个应用SSR标记检测姜荷花原品种和伽马射线突变品种间的遗传差异，但是所用引物是借鉴同属药用植物姜黄（Curcuma longa）的。由于SSR标记的物种专一性强，针对本物种开发的标记当然具有更好的稳定性和更高的多态性。

发明内容

为了克服现有技术的不足，本发明提供一种基于全长转录组测序开发的姜荷花多态性SSR引物及试剂盒。

一种基于全长转录组测序开发的姜荷花多态性SSR引物，所述引物包括20对引物，分别为：

P2 F: AGCAATGTTGACGAAATGGAAA (SEQ ID NO.1)，

P2 R: AAGCAATCTCTTAGGAAATCAG (SEQ ID NO.2)；

P5F: CTGGTCACCCACCTAAATCCTT (SEQ ID NO.3)，

P5R: ACGCCGTGGAGAAGAGGCTATT (SEQ ID NO.4)；

P6F: GGAGGGACTACGGGAAAGGGAA (SEQ ID NO.5)，

P6R: GCAGGACAGTTACGATTGATGA (SEQ ID NO.6)；

P7F: GAAAGCGACAAGATGCTGAGGG (SEQ ID NO.7)，

P7R: ACCTTCCTCTTCTCCACCTGAT (SEQ ID NO.8)；

P9F: GAGCCAGAAGTCACAATCAGCG (SEQ ID NO.9)，

P9R: TTGTCCTGGCTTCCTCTCTGGG (SEQ ID NO.10)；

P11F: CTGAGTGTAGGACTTGTCGGTG (SEQ ID NO.11)，

P11R: TAGCCATTGACGAACAAAAAGC (SEQ ID NO.12)；