[发明专利]阿尔茨海默症相关基因的预测方法

权利要求书

1.一种阿尔茨海默症相关基因的预测方法，包括如下步骤：

S1.获取AD患者和非AD患者的数据信息；

S2.计算AD患者和非AD患者的剪切异构体表达的FPKM值，根据得到的FPKM值对剪切异构体进行筛选，并对FPKM值进行数据处理得到FPKM1值；

S3.根据步骤S2得到的FPKM1值，再次对剪切异构体进行筛选；

S4.以步骤S3得到的剪切异构体的信息为基准，对AD患者和非AD患者进行聚类，并剔除离群值；

S5.以步骤S4得到的AD患者和步骤S3得到的剪切异构体构建AD患者无尺度网络，同时以步骤S4得到的非AD患者和步骤S3得到的剪切异构体构建非AD患者无尺度网络；

S6.根据步骤S5得到的AD患者无尺度网络和非AD患者无尺度网络，分别构建各自的拓扑重叠矩阵TOM-AD和TOM-非AD；

S7.将步骤S6得到的拓扑重叠矩阵TOM-AD和TOM-非AD，各自转换为节点相异性矩阵dissTOM-AD和dissTOM-非AD，并对节点相异性矩阵dissTOM-AD和dissTOM-非AD各自进行聚类得到若干个模块；

S8.对步骤S7得到的若干个模块进行相似性评价并合并；

S9.将步骤S6得到的拓扑重叠矩阵TOM-AD和TOM-非AD各自转换为网络边文件；

S10.根据步骤S9得到的网络边文件生成无向网络，计算无向网络的网络参数，并根据网络参数筛选得到具有网络结构差异的剪切异构体；

S11.对步骤S8得到的若干个模块进行合并，并判断合并后模块的差异性，从而得到具有差异性的剪切异构体；具体为采用如下步骤进行合并和判断：

ⅰ.对于步骤S8得到的AD患者对应的若干个模块，以及非AD患者对应的若干个模块，采用如下规则进行合并：

对于任意的两个模块，若该两个模块共有的转录体的数目大于该两个模块中具有较少数目的转录体的模块的转录体数目的P％，则将该两个模块合并；所述的两个模块，为两个模块均为AD患者对应的模块，或者均为非AD患者对应的模块，或者一个属于AD患者对应的模块且另一个属于非AD患者对应的模块；P为正实数；

ⅱ.针对步骤ⅰ得到的合并后的模块，采用如下公式计算各个模块的差异性指标D：

D＝1-(E(inter)/E(sub_ad)+E(inter)/E(sun_con))/2

式中，E()为计算网络的边的数目的函数，sub_ad为AD患者模块在步骤S10所生成的无向网络中提取到的子网络，sun_con为非AD患者模块在步骤S10所生成的无向网络中提取到的子网络，inter为从sub_ad和sun_con中提取出的公共网络；

ⅲ.对每个模块，若模块的差异性指标大于事先设定的阈值Q，则认定该模块具有差异性，该模块内所包含的剪切异构体为具有差异性的剪切异构体；

S12.将步骤S10得到具有网络结构差异的剪切异构体和步骤S11得到的具有差异性的剪切异构体取并集，得到最终预测的与阿尔茨海默症相关的剪切异构体。