[发明专利]造血及淋巴组织肿瘤的ctDNA高通量检测

说明书

本发明提供包括173个髓系肿瘤及淋巴组织肿瘤相关基因的基因组合、针对此基因组合设计的引物组合，以及它们在高通量测序检测髓系肿瘤中的应用。本发明可以利用ctDNA对造血及淋巴组织肿瘤进行全面检测。

技术领域

本发明属于血液病分子诊断学领域，具体涉及造血及淋巴组织肿瘤的高通量测序检测。

背景技术

造血及淋巴组织肿瘤是一类与造血系统相关肿瘤的总称，在世界卫生组织(WHO)最新的分类中，造血及淋巴组织肿瘤下分髓系肿瘤及淋系肿瘤两大类，这两类下又可分为多个分支及亚型。WHO对造血及淋巴组织肿瘤的分类依据分子生物学、细胞遗传学、细胞形态学及免疫学这个4大学科进行，其所分肿瘤亚型多达数十种，不同亚型肿瘤的治疗手段及预后情况也有所不同。因此，造血及淋巴组织肿瘤的精准分类对于其治疗及预后判断有着重要的意义。

目前，随着分子生物学的发展，其在造血及淋巴组织的分型及治疗和微小残留病灶监测过程中所发挥的作用日益重要。从最经典的BCR-ABL融合基因与慢性粒细胞白血病(CML)，以及后来的JAK2、MYD88、TP53等等多个基因突变与造血及淋巴组织肿瘤的关系被发现，目前已经有多个基因被不同文献所报道与造血及淋巴组织肿瘤所相关。而基于这些基因的突变位点检测，一大部分患者均需要涉及到组织或者骨髓活检的方法，而这两类方法均属于有创检测，存在取材困难、不利于随时监控等缺点，使得基于组织或骨髓活检的基因检测在临床应用具有一定的局限性。

液体活检(Liquid biopsy)是近年来兴起的一种新型技术，该技术通过抽取受检者的外周血并检测外周血中的游离DNA(cfDNA/ctDNA)、肿瘤细胞或者肿瘤细胞释放的外泌体等物质，从而对受检者本身疾病的发生及进展、基因突变等等情况进行检测，达到辅助临床治疗的目的。液体活检主要特点为取材容易，只需抽取患者外周血即可进行检测，基于无创这一特点，该技术问世以来就受到科研界广泛关注。目前较为成熟的检测技术是基于游离肿瘤DNA(ctDNA)进行检测的二代测序技术以及数字PCR技术，而在实际应用中，基于二代测序技术的ctDNA相关检测因其检测范围广而大量应用于液体活检领域相关的科研及临床当中。

目前，国内和国际上针对ctDNA的二代测序已经有一些成熟的技术，如多重PCR技术以及杂交捕获技术，多重PCR技术具备所需起始DNA量低，操作简便等优点，而杂交捕获技术则能够在一定程度上对拷贝数变异(CNV)以及一部分外显子缺失位点进行检测。此外，近年诞生的双端分子标签技术、滚环复制技术以及著名的AMP技术，使得目前的ctDNA液态活检的检测灵敏度扩展了一个数量级，达到了0.1％。并且在诸如肺癌，弥漫大B淋巴瘤等癌种中的各类数据均表明，ctDNA在突变检测上与组织样本存在高度符合性，甚至可以较肿瘤组织活检更早预测肿瘤的复发及反映原发肿瘤基因组全貌。这一系列的技术及研究结果的出现，使得基于ctDNA的液态活检得以应用于临床检测。

ctDNA液态活检技术目前主流的肿瘤临床应用领域仍集中在肺癌、结直肠癌、肝癌、乳腺癌等少数高发癌种上，而造血淋巴组织肿瘤的相关应用仍较为缺乏，且尚未见基于ctDNA的造血及淋巴组织肿瘤的测序产品。

发明内容

本发明的一方面提供髓系肿瘤及淋巴组织肿瘤相关基因组合在构建检测造血及淋巴组织肿瘤的高通量测序文库中的应用，所述基因组合包括选自表1所示的基因的任意一个或更多个基因。

表1 173个基因及其对应的NCBI GenBank编号

在一些实施方案中，所述基因组合包括表1所示的全部173个基因。

在一些实施方案中，所述基因组合用于制备能够特异性检测所述基因组合的引物组合，所述能够特异性检测所述基因组合的引物组合用于构建检测造血及淋巴组织肿瘤的高通量测序文库。