[发明专利]一种水稻抗稻瘟病基因Pigm的荧光分子标记及其引物

说明书

本发明提供了一种水稻抗稻瘟病基因Pigm的荧光分子标记及其引物，其引物包括Allele‑T引物、Allele‑C引物和Common‑R引物，所述Allele‑T引物的序列如SEQ ID NO：1所示，所述Allele‑C引物的序列如SEQ ID NO：2所示，所述Common‑R引物的序列如SEQ ID NO：3所示。采用本发明的技术方案的荧光分子标记，实现了快速检测水稻品种中是否含有抗稻瘟病等位基因Pigm；方法简单可靠，解决了目前使用的方法存在效率低，使用有毒物质的缺点，可应用在水稻抗稻瘟病Pigm等位基因的检测和/或水稻抗稻瘟病的辅助选择育种中。

技术领域

本发明属于分子生物学领域，尤其涉及一种水稻抗稻瘟病基因Pigm的荧光分子标记及其引物。

背景技术

水稻作为重要的粮食作物之一，哺育了全球近50%的人口。随着水稻基因组测序和精细遗传图谱的完成，对水稻的功能基因研究已成为水稻科研人员的重要研究内容。功能基因分子标记的开发和利用在水稻分子育种上发挥了重要的作用，对农业经济的发展有重要的推动作用。

水稻稻瘟病（rice blast）是由子囊菌(Magnaporthe oryzae)引起的真菌危害性病，是影响水稻的产量最大的病害之一，严重时使水稻减产40%~50%，甚至达到颗粒无收的程度。目前农业生产上控制稻瘟病害方法主要是化学防治和种植抗稻瘟病品种防治。化学防治方法虽然在一定程度上能减少稻瘟病对水稻产量的损失，但是大量使用农药会造成田间环境污染，甚至增加稻米的农药残留量，因而种植抗病水稻品种是防治稻瘟病爆发的最经济、安全的方式。Pigm基因来源于水稻品种谷梅4号中的一个持久广谱抗稻瘟病基因，已被定位到水稻第6染色体短臂上靠近Pi2/9位点，该基因由多个NBS-LRR类抗病基因组成，其中PigmS和PigmR是2个有功能蛋白，它们通过竞争形成异源二聚体，使PigmR的致病性进化减慢，从而达到持久抗病。目前Pigm基因已被越来越多的水稻育种研究者用于分子标记辅助选择技术进行抗稻瘟病水稻品种选育。目前已有研究者开发Pigm的分子标记，PCR扩增后通过琼脂糖电泳区分该基因及其等位基因，并用于分子标记辅助选择育种。但是目前此方法需要进行琼脂糖电泳，效率低，而且需要使用有毒的核酸染料。

发明内容

针对以上技术问题，本发明公开了一种水稻抗稻瘟病基因Pigm的荧光分子标记及其引物，提供了一种简单可靠的方法就实现了快速检测水稻品种中是否含有抗稻瘟病等位基因Pigm；解决了目前使用的方法效率低，使用有毒物质的缺点。

对此，本发明采用的技术方案为：

一种水稻抗稻瘟病基因Pigm的荧光分子标记的引物，包括Allele-T引物、Allele-C引物和Common-R引物，所述Allele-T引物的序列如SEQ ID NO：1所示，所述Allele-C引物的序列如SEQ ID NO：2所示，所述Common-R引物的序列如SEQ ID NO：3所示，具体而言，引物的序列如下：

Allele-T：GAAGGTCGGAGTCAACGGATTCAAACGTAAAGTGGAGGAACCT；

Allele-C：GAAGGTGACCAAGTTCATGCTCAAACGTAAAGTGGAGGAACCC；

Common-R：GGAGGTGCTAGAGTTTGTCGCC。