[发明专利]厨余废弃物好氧堆肥的微生物宏基因分析系统及方法有效
申请号: | 201810992690.1 | 申请日: | 2018-08-29 |
公开(公告)号: | CN109166602B | 公开(公告)日: | 2022-04-12 |
发明(设计)人: | 丁国春 | 申请(专利权)人: | 苏州微宏生物科技有限公司 |
主分类号: | G16B20/00 | 分类号: | G16B20/00;G16B40/00;G16B45/00 |
代理公司: | 苏州谨和知识产权代理事务所(特殊普通合伙) 32295 | 代理人: | 叶栋 |
地址: | 215106 江苏省苏*** | 国省代码: | 江苏;32 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 废弃物 堆肥 微生物 宏基 分析 系统 方法 | ||
1.一种厨余废弃物好氧堆肥的微生物宏基因分析系统,其特征在于,所述系统包括服务器和与所述服务器通信相连的浏览器:所述服务器使用galaxy开发工具使用可扩展标记语言XML语言基于Needle Wunschman模型集成数据拆分工具;所述Needle Wunschman模型用于找到两个完整的序列S1和S2之间的最佳比对;
所述浏览器,用于获取用户输入的目标生物标签、目标引物序列和目标高通量测序数据;将所述目标生物标签、所述目标引物序列和所述目标高通量测序数据发送至所述服务器;生物标签用于唯一地标识微生物的分类,所述微生物是用于堆肥的微生物;引物序列是指基因序列中包括引物的基因的序列,所述引物是指在核苷酸聚合作用起始时,刺激合成的一种具有特定核苷酸序列的大分子,与反应物以共价键形式连接的分子;其功能是作为核苷酸聚合作用的起始点;
所述服务器,用于接收所述目标生物标签、所述目标引物序列和所述目标高通量测序数据;使用所述数据拆分工具根据所述目标生物标签和所述目标引物序列对所述目标高通量测序数据进行拆分,得到至少一组生物序列;通过至少两种生物信息分析工具对至少一组生物序列进行分析,得到至少两个分析结果;通过粘连语言粘连所述至少两个分析结果,得到生物分类报告;通过多变量数学分析对所述生物分类报告进行关键微生物物种分析,得到分析结果;将所述分析结果发送至所述浏览器,所述粘连语言包括实用报表提取语言Perl或Python语言;
所述浏览器,用于显示所述分析结果。
2.根据权利要求1所述的系统,其特征在于:
所述至少两种生物信息分析工具包括:Usearch、Qiime、Mothur、BLASTN和RDP朴素贝叶斯分类器中的至少两种开源软件的驱动程序。
3.根据权利要求1所述的系统,其特征在于,所述服务器,用于:
使用R语言通过多变量数学分析对所述生物分类报告进行关键微生物种分析。
4.根据权利要求1至3任一所述的系统,其特征在于,所述浏览器,用于:
通过图表形式显示所述分析结果。
5.根据权利要求1至3任一所述的系统,其特征在于,所述分析结果包括:
堆肥样品中微生物组成、微生物的区系结构和微生物对不同环境过程的响应机制中的至少一种。
6.一种厨余废弃物好氧堆肥的微生物宏基因分析方法,其特征在于,用于服务器中,所述服务器使用galaxy开发工具使用可扩展标记语言XML语言基于Needle Wunschman模型集成数据拆分工具;所述Needle Wunschman模型用于找到两个完整的序列S1和S2之间的最佳比对;所述方法包括:
接收浏览器发送的目标生物标签、目标引物序列和目标高通量测序数据;生物标签用于唯一地标识微生物的分类,所述微生物是用于堆肥的微生物;引物序列是指基因序列中包括引物的基因的序列,所述引物是指在核苷酸聚合作用起始时,刺激合成的一种具有特定核苷酸序列的大分子,与反应物以共价键形式连接的分子;其功能是作为核苷酸聚合作用的起始点;
使用所述数据拆分工具根据所述目标生物标签和目标引物序列对所述目标高通量测序数据进行拆分,得到至少一组生物序列;
通过至少两种生物信息分析工具对至少一组生物序列进行分析,得到至少两个分析结果;
通过粘连语言粘连所述至少两个分析结果,得到生物分类报告,所述粘连语言包括实用报表提取语言Perl或Python语言;
通过多变量数学分析对所述生物分类报告进行关键微生物物种分析,得到分析结果;
将所述分析结果发送至所述浏览器。
7.一种厨余废弃物好氧堆肥的微生物宏基因分析方法,其特征在于,用于浏览器中,所述方法包括:
获取用户输入的目标生物标签、目标引物序列和目标高通量测序数据;生物标签用于唯一地标识微生物的分类,所述微生物是用于堆肥的微生物;引物序列是指基因序列中包括引物的基因的序列,所述引物是指在核苷酸聚合作用起始时,刺激合成的一种具有特定核苷酸序列的大分子,与反应物以共价键形式连接的分子;其功能是作为核苷酸聚合作用的起始点;
将所述目标生物标签、所述目标引物序列和所述目标高通量测序数据发送至服务器,所述服务器使用galaxy开发工具使用可扩展标记语言XML语言基于Needle Wunschman模型集成数据拆分工具;所述Needle Wunschman模型用于找到两个完整的序列S1和S2之间的最佳比对;所述目标生物标签和所述目标引物序列用于供所述服务器使用所述数据拆分工具对所述目标高通量测序数据进行拆分,得到至少一组生物序列;通过至少两种生物信息分析工具对至少一组生物序列进行分析,得到至少两个分析结果;通过粘连语言粘连所述至少两个分析结果,得到生物分类报告;通过多变量数学分析对所述生物分类报告进行关键微生物物种分析,得到分析结果,所述粘连语言包括实用报表提取语言Perl或Python语言;
接收并显示所述服务器发送的所述分析结果。
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