[发明专利]一种与豇豆耐盐相关性状紧密连锁的InDel分子标记及其引物和应用

说明书

本发明公开了一种与豇豆耐盐相关性状紧密连锁的InDel分子标记及其引物和应用。一种与豇豆耐盐相关性状紧密连锁的InDel分子标记，该InDel分子标记为以SEQ ID NO.1所示的上游引物和SEQ ID NO.2所示的下游引物对耐盐豇豆品种苏紫41基因组DNA进行PCR扩增得到的SEQ ID NO.3所示的核苷酸序列。用于扩增本发明所述的InDel分子标记的引物对，上游引物如SEQ ID NO.1所示，下游引物如SEQ ID NO.2所示。利用该标记及其引物进行辅助选择，可以快速筛选豇豆耐盐株系用于豇豆耐盐性育种，提高育种的准确性和选择效率，节约成本。

技术领域

本发明属于分子生物学及遗传育种技术领域,具体涉及一种与豇豆耐盐相关性状紧密连锁的InDel分子标记及其引物和应用。

背景技术

据联合国教科文组织(UNESCO)和联合国粮农组织(FAO)不完全统计，全世界盐渍土面积约10亿hm²(王遵亲,1993)。我国盐渍土面积约1亿hm²，这些盐渍土是我国重要的土地资源的一部分，尤其是在北方地区和南方沿海地区(时津霞等,2004；Stapies,1984)。

中国的豇豆种植面积常年维持在33万hm²以上，主要产区为河北、河南、江苏、浙江、安徽、四川、重庆、湖北、湖南、广西等省(自治区)(潘磊等，2014)。豇豆经济价值较高，其豆芽、幼苗、嫩荚都可作蔬菜食用，是解决夏秋淡季蔬菜供应的重要蔬菜作物之一。我国沿海地区是豇豆的重要产地，沿海地区海水中的盐分通过地上和地下途径进入土壤，而且处于较低的纬度，土壤的水分蒸发较多，也存在土壤盐碱问题(张舟等，2014)。

在豇豆的分子标记研究中，大多采用基于PCR(Polymerase chain reaction，聚合酶链式反应)的DNA分子标记。利用显性分子标记，如RAPD、ISSR等，已经筛选获得一批重复性好、稳定可靠的分子标记引物(陈禅友等，2008；Chen C Y,et al.,2010)。近年来，SSR和SNP等共显性分子标记的应用备受青睐。2009年首次报道了基于EST序列的1 375个SNP位点(Muchero W，et al.,2009)。Li等(2001)率先开发出27个SSR标记应用于豇豆研究。 Gupta等于2010年从NCBI数据库(http://archive-dtd.ncbi.nlm.nih.gov/)的豇豆 unigenes序列中设计筛选出102个SSR标记。Xu等于2010年则从豇豆基因组数据库 HarvEST(http://www.harvest-web.org/)和CGKB (http://cowpeagenomics.med.virginia.edu/CGKB)中发掘出172个多态性豇豆SSR分子标记(45个EST-SSR标记和127个gSSR标记)。InDe1标记是指由核苷酸水平上碱基的插入或缺失多态性，在植物基因组中有较高的分布频率，具有遗传稳定性高、分布广、多态性强等优点，并且InDel分布密度远高于SSR，理论上讲SSR标记包含在InDel标记范围内。标记辅助育种需要高密度遗传连锁图，但利用豇豆转录组数据开发InDel标记的研究还未见报道。

目前对豇豆耐盐相关的QTL定位研究较少，通常检测出的QTL数目较多，但效应值较小且重复性不好，较难在豇豆育种中应用。本研究通过QTL定位，旨在找到QTL区间内与豇豆耐盐相关性状紧密连锁的分子标记，同时将分子标记用于豇豆耐盐育种中。本研究通过QTL 定位，旨在筛选出与豇豆耐盐相关性状耐盐级别(STR)和叶绿素含量(SPAD)的QTLs位点和 InDel分子标记，用于豇豆耐盐育种的分子标记辅助选择。

发明内容