[发明专利]肠癌DNA甲基化检测基因芯片及其制作方法和应用

说明书

本发明公开一种肠癌DNA甲基化检测基因芯片及其制作方法和应用，包括固定有相关病原体特异性探针的基因芯片、特异性引物及通用引物，所述相关病原体包括14种病原体以及一个甲氧西林抗性靶点；所述基因芯片是点阵并固定有上述15种病原体特异性探针，所述特异性引物能对上述15种病原体靶基因进行特异性扩增；所述通用引物是上述15种病原体靶基因无关的核酸序列，其中反向通用引物5’端带有荧光标记。本发明的技术方案提供了一种检测快速灵敏、准确性高的肠癌DNA甲基化检测基因芯片及其制作方法和应用。

技术领域

本发明涉及临床疾病监测技术领域，特别涉及一种肠癌DNA甲基化检测基因芯片及其制作方法和应用。

背景技术

对肠癌DNA甲基化而言，医院现有的诊断技术多靠细菌或病毒培养，培养需要时间，通常是一天或几天，所以一般医生都不等培养结果出来就经验性地用药。这样做的结果是有50％以上的用药都不准确，延误真正的治疗时间，使病人住院时间不必要地延长，增加了医疗成本。

可是这种“事后诸葛亮”式的诊断还不得不做，因为如果医生不开单做培养，那误诊误治产生的医疗事故就由医院和医生负责任。所以感染科医生开诊断实验单的时候很无奈，开了，对这个病人没有真正的帮助，仅仅是为了在医疗档案里面记录一笔，以防今后被告和医疗纠纷，这叫做“Defensive medicine或“防守医学”，不是主动进攻疾病，而是预防病人告医生。这种类型的诊断不但不能减低医疗费用，反而让费用不断增高。

落后的诊断技术是医疗费用持续增长的原因，而新的更快更准的分子鉴别诊断技术则可以让医院降低成本，也给整个社会降低医疗消耗，减少法律纠纷。

iCubate技术平台集核酸提取、扩增和检测三个步骤于一体，而且提供了多重、自动、封闭(防污染)这三个临床迫切需要的关键功能，避免污染而导致的假阳性。使用这个技术平台，一个多个靶点的分子诊断可以在一个小时到一个半小时内完成。

把肠癌DNA甲基化的检测放到iCubate技术平台上来，可以做到一个标本，一个反应，多个指标。这样就能知道病人是否有合并感染，是否是其它病原体感染，是否有耐药性，应用到临床上，可以指导临床医生决定病人是否该用或者用哪种抗菌素，对临床的指导意义就更大。

发明内容

本发明为了弥补现有技术的不足，提供了一种检测快速灵敏、准确性高的肠癌DNA甲基化检测基因芯片及其制作方法和应用。

为实现上述目的，本发明提出的肠癌DNA甲基化检测基因芯片，包括固定有相关病原体特异性探针的基因芯片、特异性引物及通用引物，所述相关病原体包括鲍式不动杆菌、金黄色葡萄球菌、绿脓假单胞菌、肺炎杆菌、粪肠球菌、屎肠球菌、大肠杆菌、阴沟肠杆菌、奇异变形杆菌、白色念珠菌、克鲁斯念珠菌、光滑假丝酵母、近平滑念珠菌和热带念珠菌共14种病原体，另外还包括一个甲氧西林抗性靶点；所述基因芯片是点阵并固定有上述15种病原体特异性探针，所述特异性引物能对上述15种病原体靶基因进行特异性扩增；所述通用引物是上述15种病原体靶基因无关的核酸序列，其中反向通用引物5’端带有荧光标记。

可选地，所述基因芯片中的15种探针为：

鲍氏不动杆菌：5’—AAG TGT AGC TCA TCT TGA AG—3’；

金黄色葡萄球菌：5’—ACT TAA TGA CTC TCA AGC T—3’；

绿脓假单胞菌：5’—ACT CCA CCG A CT CGA TCG TC—3’；

肺炎杆菌：5’—ACG TGC TGC CCG CCT ATG AA—3’；

粪肠球菌：5’—TTA ATA TTT TAA ACA AAG AT—3’；

屎肠球菌：5’—ATG ATA TTG AGT TAG ATG AA—3’；