[发明专利]一种与鸡冠发育性状相关的SNP分子标记及其检测方法

说明书

本发明公开了一种与鸡冠发育性状相关的SNP分子标记及其检测方法，所述SNP分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示，且SEQ ID NO:1的第302位为G或A。本发明的SNP分子标记与鸡冠发育性状相关，是一个新的分子标记，通过检测待测鸡SNP位点的基因型，对鸡冠发育性状进行早期选择，可以节省生产成本并加快遗传进展，更好地服务于优质鸡的育种，具有很大的经济价值和科研价值。

技术领域

本发明属于家禽基因工程的技术领域，更具体地，涉及一种与鸡冠发育性状相关的SNP分子标记及其检测方法。

背景技术

对于优质鸡来说，要求上市的肉鸡具有冠大、脸红等性成熟的外观，因为只有接近性成熟时其脂肪沉积较多，肉质最鲜美，风味最浓郁。而鸡冠的发育是鸡第二性征中最明显、最重要的特征，可作为衡量性成熟程度的指标，也是屠宰上市后区分优质鸡和快大鸡的重要指标。同时早熟性与鸡肉品质之间也有较大的相关，鸡冠的发育程度通常是优质鸡销售的等级和价格的重要影响因素之一，因此，鸡冠将是优质鸡育种工作者重点关注和加强选择的性状。目前，对于鸡冠的选种尚停留在常规选育水平，即待鸡冠发育到一定程度后，根据鸡冠的大小，淘汰小鸡冠个体，这种选种方式无形中增加了饲养成本，从而影响了经济效益。

应用分子标记的现代育种技术是加快良种选育和提高种群遗传品质的重要途径。随着高通量基因型测定平台的发展，通过分子标记手段从遗传上对鸡冠发育进行早期选择成为可能。应用分子标记育种首先是在DNA水平上筛查和检测与鸡冠发育密切相关的遗传标记，其次是建立其基因多态性的快速检测方法，然后实现鸡冠发育性状的早期选择，节省生产成本并加快遗传进展，更好地服务于优质鸡的育种。因此，研究新的与鸡冠发育性状相关的分子标记具有重要意义。

软骨样基因(chondroadherin-like，CHADL)为发明人前期利用RNA-Seq技术对鸡冠发育差异显著的群体中筛选出的显著差异表达基因，该基因的表达在大鸡冠群体中极显著上调。CHADL基因定位于鸡1号染色体上与鸡冠发育相关的QTL区域内。在哺乳动物中，Tillgren等(2015)研究发现CHADL基因在软骨代谢中具有重要作用。研究发现，鸡冠发育与软骨沉积具有显著的正相关关系(Wright et al.,2008；Johnsson et al.,2014)，由此可见，CHADL基因可能在鸡冠发育中发挥着重要作用。目前，尚无CHADL基因遗传变异与鸡冠发育性状的相关报道。

发明内容

为了解决现有技术存在的不足，本发明提供了一种与鸡冠发育性状相关的分子标记及其检测方法。

本发明的技术方案如下：

本发明提供了一种与鸡冠发育性状相关的SNP分子标记，所述SNP分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示，且SEQ ID NO:1的第302位为G或A。

本发明还提供了检测所述的SNP分子标记的引物组，所述引物组包括SEQ ID NO:2所示的上游引物、SEQ ID NO:3所示的下游引物和SEQ IDNO:4所示的单碱基延伸引物。

本发明还提供了包含所述的引物组的检测试剂盒。

本发明还提供了检测所述的SNP分子标记的方法，该方法包括以下步骤：

(1)提取待测鸡的基因组DNA，加入上、下游引物进行PCR扩增，得PCR扩增产物；

(2)PCR扩增产物经测序后，获得所述SNP分子标记的基因型。

需要进一步说明的，步骤(1)中，上游引物的核苷酸序列如SEQ IDNO:2所示，下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:3所示。

进一步的，步骤(3)中，检测得到所述SNP分子标记的基因型为G或A。

本发明又提供了所述的引物组或所述的检测试剂盒在鸡遗传育种中的应用。