[发明专利]疾病相关蛋白数据库

权利要求书

1.一种疾病相关蛋白数据库的构建方法，所述疾病相关蛋白数据库收录了疾病相关蛋白信息，其特征在于，所述疾病相关蛋白信息的来源为基因突变数据库、蛋白突变数据库、以及用户上传的疾病相关蛋白数据，所述疾病相关蛋白数据库中收录的信息为疾病-变异基因-疾病蛋白序列-疾病蛋白结构的完全数据；

其中，所述基因突变数据库中的基因突变信息被整理为对应的疾病相关蛋白数据，所述基因突变数据库为记载基因突变信息的数据库；

所述蛋白突变数据库为记载疾病相关蛋白信息的数据库；

所述用户上传的疾病相关蛋白数据为数据库使用者进行查询时提交的疾病相关蛋白信息，该数据库能够保留用户上传的相关蛋白信息；

所述疾病相关蛋白数据库将基因突变数据库、蛋白突变数据库、以及用户上传的疾病相关蛋白数据中的疾病、或变异基因、或疾病蛋白序列、或疾病蛋白结构的不完全数据补充为疾病-变异基因-疾病蛋白序列-疾病蛋白结构的完全数据。

2.根据权利要求1中所述的疾病相关蛋白数据库的构建方法，其中所述基因突变数据库为OMIM、HGMD数据库；和/或所述蛋白突变数据库为PMD、Swissprot数据库；和/或所述用户上传的疾病相关蛋白数据时所用的系统为疾病相关蛋白三维预测系统，所述三维预测系统为Swiss-Model或通过自建方式得到。

3.根据权利要求1中所述的疾病相关蛋白数据库的构建方法，其中所述疾病相关蛋白数据库提供了疾病相关蛋白的完全数据信息，包括蛋白名称、发现方法、关键词、蛋白链种类、氨基酸数量、原子数量、结构信息、提交日期、发布日期、最后修正、结构作者和引用作者、蛋白结构的3D显示模型中的一者或多者。

4.根据权利要求1中所述的疾病相关蛋白数据库的构建方法，其中数据库模块基于MongoDB+大型磁盘文件系统构建，且该数据库被架设于云端。

5.根据权利要求1中所述的疾病相关蛋白数据库的构建方法，其中所述疾病相关蛋白数据库进一步包含在线可视化平台。

6.根据权利要求1中所述的疾病相关蛋白数据库的构建方法，其中所述疾病包括在人、动物、植物、微生物中发生的与蛋白变异相关的疾病。

7.根据权利要求1中所述的疾病相关蛋白数据库的构建方法，包括如下步骤：

步骤1：数据收集与整理：收集现有数据库的疾病相关蛋白数据或疾病相关的基因变异数据，同时收集使用者提交的通过在线疾病相关蛋白三维预测系统收录的疾病相关蛋白数据，按统一格式整合这两部分数据；其中，当收集的数据为疾病相关的基因变异数据时，先将该基因变异数据在结构数据库中筛选比对，匹配结构后记录其相关疾病蛋白的信息，最终形成疾病-变异基因-疾病蛋白序列-疾病蛋白结构的完全数据；

步骤2：数据库的架设：利用现有数据库技术对步骤1中的数据进行建库，并将数据库架在云端。

8.根据权利要求7中所述的疾病相关蛋白数据库的构建方法，该方法进一步包括步骤3：加入蛋白质的在线可视化平台。

9.根据权利要求8中所述的疾病相关蛋白数据库的构建方法，其中所述在线可视化平台支持的数据类型包括3D展示操作蛋白质模型；支持数据类型包括PQR、PDB、mmCIF、GRO、SDF、MOL2、MMTF、MRC/MAP/CCP4、DX/DXBIN、CUBE、BRIX/DSN6、XPLOR/CNS；所述在线可视化平台的可视化方式包含：Axes、Backbone、Ball+stick、Cartoon、Licorice、Spacefill、Surface。

10.根据权利要求1中的疾病相关蛋白数据库在检索疾病相关蛋白信息中的应用。