[发明专利]一种用于人MTHFR基因SNP检测的引物及探针

说明书

本发明提供一种用于人MTHFR基因SNP检测的引物及探针，包括：上游引物、下游引物、基因型T的FAM修饰的探针、基因型C的VIC修饰的探针，所述上游引物序列:5'‑TGACCTGAAGCACTTGAAGGA‑3'；下游引物序列：5'‑AAGAAAAGCTGCGTGATGATGA‑3'；基因型T的FAM修饰的探针序列：5'‑FAM‑TCTGCGGGAGTCG‑MGB‑3'；基因型C的VIC修饰的探针序列：5'‑VIC‑CTGCGGGAGCCGA‑MGB‑3'。本发明能高通量检测其SNP位点，结果容易判读。每次可以检测96或384个样品，且不需要进行PCR产物的后续分析，在节省了检测成本的同时，大大缩短了检测周期，提高了检测效率。

技术领域

本发明涉及生物技术领域，具体为一种用于人MTHFR基因SNP检测的引物及探针。

背景技术

叶酸是体内极为重要的甲基供体，参与DNA合成和修复，维持细胞内正常甲基化和基因组稳定性。参与叶酸代谢的酶主要有5,10-亚甲基四氢叶酸还原酶(5,10-methylenetetrahydrofolate reductase，MTHFR)、甲硫氨酸合成酶还原酶(5-methyltetrahydrofolate-homocysteine methyltransferase reductase，MTRR)和甲硫氨酸合成酶(5-methyltetrahydrofolate-homocysteine methyltransferase，MTR)、等。叶酸代谢途径中某些酶基因位点变异可能会影响循环中叶酸水平。叶酸代谢酶相关基因变异引起的相应的酶活性降低可阻抑同型半胱氨酸转化为甲硫氨酸，导致低叶酸血症和高同型半胱氨酸血症。一方面，MTHFR催化5,10-亚甲基四氢叶酸生成的5-甲基四氢叶酸的甲基基团生成甲硫氨酸,然后甲硫氨酸在腺苷转移酶的作用下转变成S-腺苷甲硫氨酸，而S-腺苷甲硫氨酸是体内通用的甲基供体。另一方面，MTHFR催化反应的底物5,10-亚甲基四氢叶酸与胸腺嘧啶和嘌呤合成等多个代谢通路有关，对于DNA合成有着极其重要的作用。

叶酸代谢酶的突变会直接导致DNA合成和修复产生障碍、细胞内甲基化异常以及基因组的不稳定，成为肿瘤发生和发展的一个重要原因，也是相关肿瘤用药(如5-FU)的重要依据。同时，叶酸代谢酶的多态性也影响孕妇对叶酸的吸收，相关基因的检测能有效降低新生儿出生缺陷风险，降低母体患孕妇巨红细胞性贫血、心脑血管疾病、恶性肿瘤、妊娠高血压、先兆子痫等妊娠期并发症的风险，并预防胎儿产生胚胎神经管畸形、唇腭裂、先天性心脏畸形等疾病。

研究证实，与甲基类维生素(叶酸及维生素B12)代谢密切相关的基因主要有MTHFR、MTRR和MTR等，其中MTHFR在叶酸代谢过程中起着更为关键的作用。MTHFR基因位于人类一号染色体1p36.3上，基因组全长15.8kb，包括11个外显子和10个内含子，整个编码区长1980bp。MTHFR是叶酸代谢过程中的关键酶，能将5,10-MTHF转变成5-MTHF，从而参与蛋氨酸代谢循环和DNA的甲基化。

MTHFR基因上最主要SNP位点是 C677T(rs1801133)，MTHFR基因C677T位点是第677位核苷酸胞嘧啶(C)被胸腺嘧啶(T)置换，而导致酶的第222位氨基酸由丙氨酸变成缬氨酸，从而影响MTHFR活性，导致酶活性和热稳定性下降，同时改变半胱氨酸的代谢。若以个体携带rs1801133C/C基因型时其MTHFR活性为100％，携带T/C基因型的活性则为C/C的71％，基因型为T/T型的只有34％。因而，不同个体在孕期的叶酸的需求量存在很大的差异，若基因型位T/T型的个体则需要较正常个体补充多一倍的叶酸。另外，MTHFR基因C677T位点的多态性与肺癌、胃癌、结直肠癌、肝癌、鼻咽癌等多种恶性肿瘤的易感性相关。在临床上，MTHFR基因C677T位点的多态性检测已被广泛接受。研究表明，MTHFR基因C677T的多态性会影响叶酸浓度及其细胞内的分布，于此同时影响肿瘤细胞的生长和对化疗的敏感性。此外，MTHFR基因C677T还与脑卒中、先天性心脏病、高血脂症、神经管缺陷、习惯性流产等疾病的发生相关。

发明内容