[发明专利]基于外显子捕获的遗传性疾病基因文库构建用的探针组合物、试剂盒及应用

说明书

本发明涉及一种基于外显子捕获的遗传性疾病基因文库构建用的探针组合物、试剂盒及应用。本发明通过研究发现，直接针对外显子或mRNA来设计捕获探针，往往也只能捕获部分外显子基因片段，有一定的遗漏，因而构建的文库并不完善。因此，本发明的基于外显子捕获的遗传性疾病基因文库构建用的探针组合物选择以基因组DNA为模板，创造性的对内含子序列进行分类，将部分捕获探针设计在临近外显子的内含子保守区域，包含了比市售试剂盒的外显子捕获区域更多的内含子区域，并对于特定的基因的保守区域设定多个捕获探针，通过探针密度调整确保目标区域捕获的成功率与覆盖均一性，以保证文库所包含的基因数据可以真实的反映外显子水平的各类突变类型。

技术领域

本发明涉及基因检测领域，尤其是涉及一种基于外显子捕获的遗传性疾病基因文库构建用的引物组合物、试剂盒及应用。

背景技术

外显子组测序技术是指利用目标序列捕获技术将基因组的全部外显子区域DNA捕获后进行高通量测序的技术，目标序列的富集是外显子测序技术的关键。目前市售的主要捕获平台有罗氏的NimbleGen基因捕获芯片、安捷伦的SureSelect靶向序列捕获系统及Illumina的TruSeq和Nextera Rapid序列捕获系统等，其主要流程都是将DNA文库与设计好的探针进行杂交，通过收集杂交片段达到富集目的基因的目的。

上述平台已经被广泛应用，其相关参数也比较完善，并有多篇论文对比分析其间差异，作为捕获的核心技术，捕获探针的设计最为关键。根据测序数据推测，上述平台使用的捕获探针普遍为外显子转录位点的上下游保守区域。国内对于外显子组文库的构建方法，在发明专利201510419231.0《一种全基因组外显子序列捕获探针的构建方法》中采用的是提取总RNA逆转录后使用通用捕获探针富集；在《外显子捕捉法快速分离新基因的原理和方法》(生物化学与生物物理进展.1997.24(3)207-211)中利用5’或3’端保守的拼接序列进行捕获，其捕获的目标同样是cDNA。由于mRNA的表达具有很强的特异性，其最后构建的外显子文库只是一个表达文库而非外显子组的文库。基于外显子或mRNA的捕获探针，往往也只能捕获部分外显子基因片段，有一定的遗漏，因而构建的文库并不完善。

人类基因组中大约有两万多个蛋白质编码基因，蛋白质编码序列占整个基因组碱基数量少于1.5％。当一个或多个基因发生不正常表现时，便可能会使某个相对应的表型产生临床症状。遗传性异常包括基因突变和染色体数目异常，如果异常的基因会从亲代遗传到子代，那就会成为一种遗传性疾病。目前已知的遗传性疾病有七千多种，然而已知的涉及遗传性基因的基因只有四千多。因此，对于遗传性疾病，如果以人类基因组的整个外显子或者所有mRNA构建文库，则测序数据太大，成本非常高，并且存在大量的功能不明基因，会影响基因分析的结果，容易造成误诊或漏诊。

发明内容

基于此，有必要提供一种基于外显子捕获的遗传性疾病基因文库构建用的探针组合物、试剂盒及应用，以用于人类多种遗传性疾病的基因研究分析。

一种基于外显子捕获的遗传性疾病基因文库构建用的探针组合物，包括序列分别同表1中各染色体上相应位点之间的序列完全一致的多条寡核苷酸探针，各所述寡核苷酸探针的5’端连接有第一连接标记物。

一种基于外显子捕获的遗传性疾病基因文库构建用的试剂盒，包括捕获磁珠和上述探针组合物，所述捕获磁珠上固定有能够与所述第一连接标记物反应结合的第二连接标记物。

上述探针组合物或上述试剂盒在构建基于外显子捕获的遗传性疾病基因文库中的应用。