[发明专利]一种与二花脸母猪产仔性状相关的SNP标记及其检测方法

说明书

本发明公开了一种与二花脸母猪产仔性状相关的SNP标记及其检测方法。所述SNP标记位于猪13号染色体上的钙同线蛋白基因CLSTN2的核苷酸序列上，所述SNP标记的位点为国际猪基因组11.1版本参考序列猪13号染色体上g.80866929核苷酸位点，且存在A/G多态性，所述SNP标记与二花脸母猪窝产总仔数极显著相关。一种用于检测本发明所述的SNP标记的引物对，上游引物为：SEQ ID NO：2，下游引物为：SEQ ID NO：3。本发明提供的SNP标记与二花脸母猪的产仔性能相关，因此，可以通过鉴定该SNP标记来筛选高产的二花脸母猪品系，所得的二花脸母猪高产品系具有重要的经济效益与社会价值。

技术领域

本发明属于分子生物学技术领域，涉及一种与二花脸母猪产仔性状相关的SNP标记及其检测方法。

背景技术

产仔数是反映母猪繁殖力、猪场生产水平和经济效应的重要指标，产仔数的高低直接关系到每头母猪提供育肥猪的数量和猪肉供给量。尽管我国能繁母猪数量有所调整，但2017年12月底仍达3500万头左右，如果每头母猪平均每胎多产仔1头，按每年每头母猪产2胎计算，则每年可为整个行业多提供约7000万头猪；换言之，全国可以少养300多万头母猪，保障生猪出栏水平不变。这对当今环保压力巨大的我国养猪业可起到很大的保障作用。随着我国经济持续快速的发展，人们生活水平逐渐提高，对猪肉的需求量也越来越大，因此，人们也越来越关注如何提高猪的产仔数性能。然而，由于传统的选育方法对产仔数提高收效甚微，因此解析产仔数变异的遗传机理，开发和利用新的基因或分子选育标记来提高猪的产仔性能具有重要意义。

二花脸是我国太湖流域产仔性能非常优秀的国家级畜禽遗传资源保护品种，有着“世界猪种产仔之王”的美誉，也是我国养猪业可持续发展的重要资源。多年以来虽然国内已有大量的研究机构利用二花脸来鉴别二花脸猪种高繁殖力的遗传机理，但限于研究方法、手段、材料及繁殖性状本身复杂性等众多因素的制约，二花脸猪种高繁殖力遗传机制并没有得到充分的揭示和有效的利用。

随着梅山猪出口到国外，其高繁殖力优势基因被国外许多机构进行了系统科学的研究和有效利用，提高了其瘦肉型猪种的繁殖力，近年来从法国和丹麦引进的猪种普遍繁殖力很高，我们地方猪高产优势逐渐被削弱，这是一个严重威胁，是国人不得不面对并亟需寻求对策的现实。鉴别和分离尚未被出口的二花脸猪种的高产优势基因，培育性能相对稳定的高产群体、巩固太湖流域这些地方猪种的高产优势已刻不容缓。

从国际猪QTL数据库网站(http://www.animalgenome.org/cgi-bin/QTLdb/SS/index)可知，目前在猪除10、11号染色体及性染色体上没有定位到影响总产仔数的QTL，其它常染色体上都已定位到影响总产仔数的QTL，但大部分是利用微卫星标记定位的QTL，置信区间多在10-20cM，无法确定真正的主效基因及其关键变异位点，因此难以直接应用于种猪选育改良。

发明内容

本发明的目的在于针对现有技术不足，产仔数的低遗传力，提供与母猪窝经产产活仔数和窝经产总产仔数相关的SNP标记。

本发明的另一个目的在于提供用于检测上述SNP标记的引物和检测方法。

本发明的另一个目的在于提供上述SNP标记的用途。

一种与二花脸母猪产仔性状相关的SNP标记，所述SNP标记位于猪13号染色体上的钙同线蛋白基因CLSTN2的核苷酸序列上，所述SNP标记的位点为国际猪基因组11.1版本参考序列猪13号染色体上g.80866929核苷酸位点，且存在A/G多态性，所述SNP标记与二花脸母猪窝产总仔数极显著相关。g.80866929位点具有AA基因型的二花脸个体母猪窝经产产活仔数和窝经产总产仔数均显著高于具有GG基因型的二花脸个体母猪窝经产产活仔数和窝经产总产仔数。

一种基于本发明所述的SNP开发分子标记的方法，以含有所述的SNP标记的核苷酸序列为基础序列，设计引物对，以二花脸母猪基因组DNA为模板进行PCR扩增，使所述的SNP标记转化为分子标记。