[发明专利]监控乳腺癌实时复发的寡核苷酸探针组和检测方法及应用

说明书

本发明公开了乳腺癌实时复发监控的探针及应用，所述的乳腺癌实时复发监控是指通过高通量测序技术，对染色体1q21.3区域内三个基因的拷贝数情况进行实时监控，可以作为追踪肿瘤复发的重要生物标志物，也是乳腺癌治疗的可能靶点，其中共包含53条探针。本发明通过检测在染色体1q21.3区域的三个基因的拷贝数情况，来检测乳腺癌是否复发，具有检测灵敏度高，特异性强、不易污染、安全性高，检测周期短等优点，检测结果具有较好的准确性和重复性，通过检测肿瘤患者的染色体1q21.3区域的拷贝数情况，为癌症患者进行最科学的靶向药物疗效，辅助医生为患者制定个性化治疗方案。

技术领域

本发明涉及基因检测领域，具体涉及乳腺癌实时复发监控检测应用领域。

背景技术

日前，国家癌症中心发布了最新一期的中国恶性肿瘤发病和死亡分析报告，报告显示，据估计，2014年全国新发恶性肿瘤病例约为380.4万例，死亡病例约229.6万例。按此计算，平均每分钟就有7人被确诊为癌症，4人因癌症死亡。常见的恶性肿瘤包括肺癌、胃癌、结直肠癌、肝癌、女性乳腺癌、食管癌、甲状腺癌、子宫颈癌、脑瘤和胰腺癌，约占我国肿瘤全部新发病例的77％。主要的肿瘤死因是肺癌、肝癌、胃癌、食管癌、结直肠癌、胰腺癌、乳腺癌、脑瘤、白血病和淋巴瘤，约占全部肿瘤死亡病例的83％。

其中，占女性肿瘤发病第1位的是乳腺癌，每年新发病例约为27.9万，其次为肺癌、结直肠癌、甲状腺癌和胃癌。尽管乳腺癌的治疗取得了颇多进展，但仍有大量的患者在治疗后数年内发生复发转移并因此死亡。由此可见，复发转移是影响乳腺癌患者生存预后的关键因素，但是其发生机制复杂，目前在临床上尚无可靠的方法做到有效的早期监测乳腺癌的复发转移。现有的临床检测手段如B超、CT、MRI及骨扫描等并不能在早期阶段及时地发现复发转移的亚临床期病灶。因此，识别与肿瘤复发有关的关键分子，开发新的诊断和治疗方案，对于改善患者的生存至关重要。

对于乳腺癌患者，术后的复发转移是造成患者死亡的主要原因，所以，临床医生关注的重点之一是希望尽早预测术后复发转移的可能性，改善患者的生存质量和延长患者的生命周期。有研究表明，1q21.3染色体拷贝数扩增的乳腺细胞具有肿瘤干细胞(Tumor-initiating Cells,TICs)特征，与乳腺癌复发密切相关，并提示1q21.3扩增可以作为追踪肿瘤的重要生物标志物，也是乳腺癌治疗的可能靶点。在一个67例患者的独立验证组中，研究者采用RT-PCR检测了1q21.3区域S100A8基因的拷贝数情况，结果有11例原发乳腺癌患者存在这一基因的拷贝数扩增，且携带扩增的患者总生存率显著低于未携带者，死亡率也高于未携带者。研究人员进一步发现细胞游离DNA

(Cellfree DNA,cfDNA)的该区域扩增与乳腺癌患者早期复发密切相关，同时也可以用于跟踪肿瘤是否对化疗出现耐药性。

随着液体活检技术的不断成熟，检测循环肿瘤细胞(Circulating tumor cells,CTC)及循环肿瘤DNA(Circulating tumor DNA,ctDNA)已经取得不少的进展。ctDNA是人体血液系统中来自肿瘤基因组的DNA片段，这些肿瘤DNA含有肿瘤基因组所特有的基因突变，就像是肿瘤细胞留在血液中的指纹，让我们有可能仅仅凭借一管血，就可以追查癌症的真凶，分析它的各项特征，从而为消灭这个凶手提供不可或缺的信息。在几乎所有种类的癌症中，都检测到了ctDNA所带有的标志性突变，并且肿瘤越晚期，病情越严重，肿瘤的恶性程度越高，ctDNA特有突变的频率就越高。由于ctDNA的浓度与肿瘤的进展高度相关，因此我们可以通过ctDNA来进行肿瘤的分期、预后评估，以及动态监测。它携带的肿瘤信息也可提供用药指导信息，不仅取样简单，还能更全面地掌握肿瘤信息。因此，利用液体活检技术寻找乳腺癌复发转移的生物标志物，对乳腺癌复发进行实时监控是一种实际可行的方案，也是目前很多科研工作者正在致力于此的事情。