[发明专利]一种方格星虫β-肌动蛋白基因及其应用

说明书

本发明公开了一种方格星虫β‑肌动蛋白基因及其应用，其cDNA的核苷酸序列如SEQ ID NO 01所示。本发明从方格星虫转录组数据库中筛选到β‑肌动蛋白基因片段，结合同源克隆，得到方格星虫β‑肌动蛋白的基因组DNA序列，根据cDNA序列和基因组DNA序列设计跨内含子荧光定量引物。本发明首次建立了在方格星虫各个组织中稳定表达的内参基因，可以快速、准确、有效地用于方格星虫基因表达研究。同时，采用此内参做出的表达结果与转录组测序结果高度吻合，证明了采用β‑肌动蛋白基因作为内参基因具有较好的稳定性。

技术领域

本发明属于分子生物学技术领域，具体涉及一种方格星虫β-肌动蛋白基因及其应用。

背景技术

方格星虫(Sipunculus nudus)又名裸体方格星虫或光裸星虫，俗称“沙虫”，隶属于星虫动物门，方格星虫纲，方格星虫科，方格星虫属^[1]。该种为暖水性世界广泛分布的种类，我国沿海均有分布，是一种名贵的海产珍品。该种味道鲜美，营养丰富，含有丰富的蛋白质及多种微量元素，具有重要的食用和药用价值^[2]。目前，人们对方格星虫的研究尚处于起步阶段，已有研究多集中于活性成分提取、种质资源、养殖和开发利用等方面，尚缺少分子生物学相关研究。开展方格星虫分子生物学相关研究，从基因水平上理解方格星虫活性成分的形成机制，研究方格星虫相关功能基因的表达模式，有助于在分子水平上掌握其活性成分形成及功能基因表达的基本规律及其调控机制，以期有效地促进人们对方格星虫资源的开发，这对于方格星虫养殖实践有着重要的理论意义和应用价值。

目前，研究基因表达的常用实验技术有mRNA水平上的实时荧光定量PCR、Northern杂交和半定量RT-PCR技术以及蛋白质水平上的Western杂交技术，这些技术都需要选择合适的内参基因对目标基因的表达量进行校正，从而获得可靠的试验结果。内参基因是指在不同实验条件处理下、在不同的组织及细胞中都能相对稳定地表达的基因，真核生物常用的内参基因有肌动蛋白基因(actin)、微管蛋白(tubulin)、甘油醛-3-磷酸脱氢酶(glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase，GAPDH)及18S rRNA等^[3]。

β-肌动蛋白(β-actin)，是actin基因家族的一员，广泛存在于真核生物的非肌细胞中，是构成细胞骨架的主要成分，参与了真核细胞的大部分生理过程，如细胞分裂、染色体运动、细胞器运动及胞质流动等。同时，β-肌动蛋白作为较为广泛的管家基因，具有mRNA表达量高、表达稳定等特点^[4，5]，目前被广泛应用于多种生物如人、小鼠、斑马鱼及其他淡水鱼类等物种基因表达研究的内参基因。目前，人们在方格星虫功能基因鉴定和基因表达方面的研究尚处于起步阶段，且暂时没有可用于荧光定量PCR的内参基因报道。

发明内容

本发明的目的在于提供一种方格星虫β-肌动蛋白基因。

本发明的另一目的在于提供上述方格星虫β-肌动蛋白基因的应用。

本发明的技术方案如下：

一种方格星虫β-肌动蛋白基因，其cDNA的核苷酸序列如SEQ ID NO 01所示。

在本发明的一个优选实施方案中，其基因组核苷酸序列如SEQ ID NO 02所示。

上述方格星虫β-肌动蛋白基因作为方格星虫定量PCR检测的内参基因的应用。

在本发明的一个优选实施方案中，扩增所述方格星虫β-肌动蛋白基因的上游引物和下游引物的核苷酸序列分别如SEQ ID NO 03和SEQ ID NO 04所示。

一种方格星虫荧光定量PCR检测方法，包括如下步骤：

(1)方格星虫mRNA的提取；

(2)将上述方格星虫mRNA逆转录成cDNA；