[发明专利]一种脊尾白虾EC16 SNP标记的检测方法

说明书

本发明提出用于检测脊尾白虾EC16位点SNP标记的引物。本发明还提出脊尾白虾EC16位点SNP标记的检测方法，包括如下步骤：首先提取不同地理群或脊尾白虾群内个体的基因组DNA备用；利用脊尾白虾转录组文库中的含有EC16 SNP标记的核心序列，在其序列两端设计特异性引物；使用该引物对脊尾白虾不同地理群或脊尾白虾群内个体的基因组DNA进行PCR扩增，对PCR产物进行检测；PCR产物进行限制性内切酶酶切反应，根据出现的条带进行分析，确定每个个体的基因型，并获得脊尾白虾的遗传多态性图谱。本发明主要应用于脊尾白虾群体间遗传标记、系谱认证和遗传图谱的构建。

技术领域

本发明属于脊尾白虾DNA分子遗传标记技术，是脊尾白虾在EC16位点遗传多态性的SNP标记检测方法。

背景技术

本发明做出之前，国内外仅见脊尾白虾微卫星遗传标记的研究报道，国内朱晓宇（2010）等报道了近缘物种中国对虾微卫星标记对脊尾白虾的通用性，筛选出2个通用标记。贾舒雯等（2011，2012）采用人工合成的生物素标记(AG)15探针及磁珠富集法构建了脊尾白虾基因组微卫星富集文库，筛选出26个多态性微卫星标记；并利用其中12个微卫星标记分析了莱州湾、海州湾、象山脊尾白虾野生群体的遗传多样性。微卫星标记同样可用来揭示不同家系群体的遗传变化规律。如王日芳（2016）利用33个微卫星标记对脊尾白虾3个近交家系进行了评价，揭示了近交系的遗传特性。刘九美等（2017）利用25个微卫星标记分析了脊尾白虾回交家系的遗传变异规律。王佳佳等（2017）基于高通量测序开发了60个脊尾白虾多态性微卫星标记。关于脊尾白虾SNP标记的报道仅见李吉涛发表的利用脊尾白虾转录组文章（Molecular Biology Reports, 2015）。目前GenBank中尚未见注册的脊尾白虾SNP标记，可用于遗传连锁图谱构建和系谱识别的SNP标记的数量仍极其缺乏，国内外尚未见有脊尾白虾SNP多态性图谱的构建、特异性遗传标记等方面应用的研究报道。

发明内容

本发明其目的是提出一种脊尾白虾DNA分子遗传标记检测方法，主要利用建立的脊尾白虾转录组文库中含有SNP标记的核心序列，在其两端设计特异性引物进行PCR扩增，PCR产物通过限制性内切酶进行酶切反应，从而快速地检测脊尾白虾每个个体在此SNP位点的遗传变异，获得该引物的脊尾白虾多态性图谱，通过图谱直观地检测出每个个体的基因型。

本发明提出用于检测脊尾白虾EC16位点SNP标记的引物，所述正向引物序列如SEQID NO.1所示，所述反向引物序列如SEQ ID NO.2所示。

此外，本发明还提出脊尾白虾EC16位点SNP标记的检测方法，包括如下步骤：首先提取不同地理群或脊尾白虾群内个体的基因组DNA备用；利用脊尾白虾转录组文库中的含有EC16 SNP标记的核心序列，在其序列两端设计特异性引物；使用该引物对脊尾白虾不同地理群或脊尾白虾群内个体的基因组DNA进行PCR扩增，对PCR产物进行检测；PCR产物进行限制性内切酶酶切反应，根据出现的条带进行分析，确定每个个体的基因型，并获得脊尾白虾的遗传多态性图谱；所述特异性引物序列分别为：正向引物序列为SEQ ID NO.1所示，反向引物序列为SEQ ID NO.2所示。

进一步的，PCR扩增体系为：脊尾白虾基因组DNA 100ng；10X PCR Buffer，2.0μL；25mmol/L Mg²⁺，2μL；Taq酶，1U；dNTP，2μL；正反引物各2μL；加灭菌水至20μL。进一步的，PCR反应程序为：94℃变性5min；94℃ 40sec，55℃ 40sec，72℃ 40sec，35个循环；72℃延伸10min，4℃保存。