[发明专利]一种量化miRNA对相关疾病基因影响程度的方法有效
| 申请号： | 201810787841.X | 申请日： | 2018-07-18 |
| 公开（公告）号： | CN109033750B | 公开（公告）日： | 2021-11-16 |
| 发明（设计）人： | 刘文斌;许鹏;吴倩;昝乡镇 | 申请（专利权）人： | 广州大学 |
| 主分类号： | G16B50/00 | 分类号： | G16B50/00;G16B25/10 |
| 代理公司： | 温州名创知识产权代理有限公司 33258 | 代理人： | 陈加利 |
| 地址： | 510000 广东省广*** | 国省代码： | 广东;44 |
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| 摘要： | |||
| 搜索关键词： | 一种 量化 mirna 相关 疾病 基因 影响 程度 方法 | ||
1.一种量化miRNA对相关疾病基因影响程度的方法，靶基因mRNA受到多个miRNA的协同影响，且每个miRNA对一个靶基因mRNA的影响正比于该mRNA表达谱的差异，反比于所述miRNA所调控的靶基因mRNA的数量，其特征在于，量化方法包括以下步骤：
①从数据库中下载miRNA靶基因数据，构建靶基因数据库；
②基因差异表达分析：同时获取癌组织和癌旁组织的mRNA表达谱数据，根据mRNA表达谱数据，使用软件包计算每个基因对应的经过校正的p值，校正后的p值小于0.05的基因即为差异表达基因；
③计算miRNA表达变化矩阵ΔEmiR：根据miRNA表达谱数据，计算表达值变化矩阵ΔEmiR＝Ed-En，其中Ed指的是疾病组表达谱中的miRNA的表达值，而En则指的是正常对照组中的miRNA的表达值；计算mRNA表达变化矩阵ΔEGene：根据mRNA表达谱数据，计算表达值变化矩阵ΔEGene＝Ed'-En'，其中Ed'指的是疾病组表达谱中的mRNA的表达值，而En'则指的是正常对照组中的mRNA的表达值；
④根据miRNA表达变化矩阵及miRNA-mRNA的靶基因数据，计算多个miRNAs对同一个靶基因mRNA的协同效应ΔR，其中ΔEmiR-i表示miR-i表达值的变化大小，ni表示miR-i靶基因数量，Mj表示能够靶向mRNAj的所有miRNAs的集合；
⑤计算mRNA表达变化矩阵ΔEGene与ΔR之间的皮尔森相关系数，获得皮尔森相关系数的显著性小于0.05的基因；
⑥计算每一个miRNA对相应靶基因mRNA的贡献Cij，其中ΔEmiR-i表示miR-i表达值的变化大小，ni表示miR-i靶基因数量，Mj表示能够靶向mRNAj的所有miRNAs的集合。
2.根据权利要求1所述的一种量化miRNA对相关疾病基因影响程度的方法，其特征在于：步骤①所述的数据库，包括有miRTarbase7.0数据库。
3.根据权利要求1所述的一种量化miRNA对相关疾病基因影响程度的方法，其特征在于：步骤②中所述的软件包包括有Deseq2 R软件包。
4.根据权利要求1所述的一种量化miRNA对相关疾病基因影响程度的方法，其特征在于：步骤⑤中所述的miRNAs对靶基因mRNA的协同效应与该靶基因mRNA表达水平的变化呈负相关的关系。
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