[发明专利]用于水稻基因分型的SNP分子标记及其应用

说明书

本发明提供用于水稻基因分型的SNP分子标记及其应用。所述分子标记选自1200个SNP标记中的至少一个，它们的信息如表1所示。利用本发明的SNP分子标记及其组合可以对水稻种质资源进行分子标记指纹分析，对水稻杂交群体后代进行基因型鉴定，对水稻品种真实性进行鉴定，对水稻育种材料遗传背景进行分析和筛选、对农艺性状进行关联分析，具有广阔的应用前景。

技术领域

本发明涉及基因组学、分子生物学、生物信息学和分子植物育种领域，具体地说，涉及用于水稻基因分型的SNP分子标记及其应用。

背景技术

水稻是我国最主要的粮食作物之一，对保障国家粮食安全起到举足轻重的作用。粮食生产的源头在于优良品种的选育，而传统的品种选育依赖于植株的表现型，一个优良品种的培育往往需要花费多至十几年的时间周期。为了提高选择效率，育种家在实践中不断探索运用分子标记技术(Molecular marker technologies)来进行育种选择。

分子标记技术是分子育种中的重要工具。传统分子标记技术，如RFLP(Restriction Fragment Length Polymorphism，限制性片段长度多态性)和SSR(SimpleSequence Repeat，简单序列重复)技术曾在功能基因组研究中发挥着重要作用。但是，传统的分子标记技术存在许多局限性，如通量低、数量少、操作过程繁琐，不能满足大规模商业化育种的需求。为了对目标基因进行精确控制，对遗传背景进行有效选择，对育种品种进行准确分析和鉴定，需要开发和利用高通量分子标记技术。目前，高通量分子标记技术平台主要包括：第二代测序技术、基因芯片技术以及SNP(Single Nucleotide Polymorphism，单核苷酸多态性)标记检测系统。SNP是指在基因组上单个核苷酸的变异所形成的核苷酸序列多态性，是目前认为最具研发潜力的检测技术，与SSR标记相比具有基因组中分布密度更高更均匀，易于实现数据整合比较，通量高、检测位点数量可达数百万个，部分标记与功能基因乃至植物表型相关等优势。SNP分子标记组合可以对品种资源进行分子标记指纹分析、对杂交群体后代进行基因型鉴定、对品种真实性进行鉴定、对育种材料遗传背景进行分析和筛选、对农艺性状进行关联分析等研究，具有广阔的应用前景。

发明内容

本发明的目的是提供用于水稻基因分型的SNP分子标记及其应用。

为了实现本发明目的，第一方面，本发明提供用于水稻基因分型的SNP分子标记，所述分子标记选自1200个SNP标记中的至少一个，所述1200个SNP标记的编号分别为LPSNP1002～LPSNP2201，它们的信息如表1所示。每条SNP标记均由101个碱基组成，且第51位碱基为SNP位点。

第二方面，本发明提供所述分子标记的如下用途：

所述分子标记单独或组合使用在制备水稻全基因组育种芯片中的应用。

所述分子标记单独或组合使用在水稻分子标记辅助育种中的应用。

所述分子标记单独或组合使用在水稻品种鉴定及选育中的应用。

所述分子标记单独或组合使用在检测水稻育种材料中的应用。

所述分子标记单独或组合使用在水稻全基因组关联分析中的应用。

所述分子标记单独或组合使用在水稻种质资源基因指纹分析中的应用。

所述分子标记单独或组合使用在水稻全基因组选择育种中的应用。

第三方面，本发明提供一种水稻全基因组育种芯片，所述芯片包含1200个SNP标记，它们的信息如表1所示。

第四方面，本发明提供所述水稻全基因组育种芯片的以下任一种应用：

1)在水稻分子标记辅助育种中的应用；

2)在水稻品种鉴定及选育中的应用；