[发明专利]确定检测靶点的方法、装置、计算机设备和存储介质

说明书

本申请涉及一种确定检测靶点的方法、系统、计算机设备和存储介质。方法包括：确定待检测的目标病原体操作组；从靶点数据库中获取目标病原体操作组中包含的特异性k‑mer；确定目标病原体操作组中包含的每个基因组中包含的特异性k‑mer；对每个基因组包含的特异性k‑mer进行处理，得到每个基因组对应的非重合特异性区域集合；获取每个基因组对应的非重合特异性区域集合中包含的每个非重合特异性区域在全部非重合特异性区域集合中的出现次数；选取出现次数超过预设次数阈值的非重合特异性区域作为目标病原体操作组的检测靶点。这种技术方案大大扩大了潜在检测靶点的搜寻范围，增加了对检测靶点搜索范围限定的灵活性，提高了确定检测靶点的效率。

技术领域

本申请涉及基因检测技术领域，特别是涉及一种确定检测靶点的方法、装置、计算机设备和存储介质。

背景技术

靶点是指特殊的核酸片段，此核酸片段可以用于PCR反应(Polymerase ChainReaction，聚合酶链式反应)、抗体抗原反应以及杂交探针反应等。

在传统技术中，如果需要确定针对某一病原体或病原体操作组的特异性检测靶点(即特征靶点)，则需要对该病原体或病原体操作组的生理、代谢、遗传等多种指标进行细致和详细的长期研究，因此耗时长、效率低。目前已有的一些新的技术方案已经可以通过对基因组进行数据分析的方法，从而寻找到针对某一病原体或病原体操作组的潜在检测靶点。但目前的这些技术方案往往要求苛刻，例如要求特征靶点仅在一个物种操作组中存在，并且在该物种操作组中的每一个个体的基因组中都存在。这样没有任何弹性的苛刻要求使得在一个病原体或病原体操作组中找到特征靶点非常困难。

发明内容

基于此，有必要针对上述技术问题，提供一种能够提高确定检测靶点效率的确定检测靶点的方法、装置、计算机设备和存储介质。

一种确定检测靶点的方法，所述方法包括：

确定待检测的目标病原体操作组；

从靶点数据库中获取所述目标病原体操作组中包含的特异性k-mer，所述特异性k-mer为满足预设特异性条件的k-mer，k-mer是指长度为k的基因组序列；

确定所述目标病原体操作组中包含的每个基因组中包含的特异性k-mer；

对每个基因组包含的特异性k-mer进行处理，得到每个基因组对应的非重合特异性区域集合，所述非重合特异性区域集合中包含有非重合特异性区域；

获取每个基因组对应的非重合特异性区域集合中包含的每个非重合特异性区域在全部非重合特异性区域集合中的出现次数；

选取所述出现次数超过预设次数阈值的非重合特异性区域作为所述目标病原体操作组的检测靶点。

一种确定检测靶点的装置，所述装置包括：

确定模块，用于确定待检测的目标病原体操作组；

特异性k-mer获取模块，用于从靶点数据库中获取所述目标病原体操作组中包含的特异性k-mer，所述特异性k-mer为满足预设特异性条件的k-mer，k-mer是指长度为k的基因组序列；确定所述目标病原体操作组中包含的每个基因组中包含的特异性k-mer；

非重合特异性区域获取模块，用于对每个基因组包含的特异性k-mer进行处理，得到每个基因组对应的非重合特异性区域集合，所述非重合特异性区域集合中包含有非重合特异性区域；

检测靶点选取模块，用于获取每个基因组对应的非重合特异性区域集合中包含的每个非重合特异性区域在全部非重合特异性区域集合中的出现次数；选取所述出现次数超过预设次数阈值的非重合特异性区域作为所述目标病原体操作组的检测靶点。

一种计算机设备，包括存储器、处理器，所述存储器存储有计算机程序，所述处理器执行所述计算机程序时实现以下步骤：