[发明专利]朱鹮微卫星多态位点、鉴定方法及特异引物序列

说明书

本发明提供了一种朱鹮微卫星多态位点、鉴定方法及特异引物序列。筛选出的12对朱鹮微卫星多态位点特异引物序列，其序列如SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.24所示。鉴定朱鹮微卫星多态位点的方法利用朱鹮基因组筛选出微卫星位点并设计高质量引物；将朱鹮基因组测序read数据比对到朱鹮参考基因组鉴定INDEL位点；根据INDEL位点和微卫星位点信息，筛选出具有多态性的微卫星位点及高质量引物。本发明所提供的12对微卫星引物，均为多态性位点，具有较强的分辨能力。利用这套微卫星引物，可经济、快速、正确地进行朱鹮个体鉴定和亲子关系鉴定，有助于对朱鹮种群进行家族谱系重建和信息完善，为制定科学的朱鹮保护方案提供数据支持。

技术领域

本发明属于朱鹮微卫星多态位点鉴定领域，具体涉及朱鹮微卫星多态位点、鉴定方法及特异引物序列。

背景技术

微卫星指DNA短串联重复序列(simple sequence repeat,SSR)，由核心序列与两侧的侧翼序列构成。核心序列室2-6个核苷酸，通常微卫星核心序列的重复数与该位点的等位基因数有很强的正相关，核心序列重复数越大，其变异性越大，则该微卫星微点的等位基因数目就越多。微卫星具有数量多，在基因组内分布均匀，多态性信息丰富，易于检测等特点，在单个微卫星位点上可做共显性的等位基因分析。目前微卫星技术已经被作为优良的遗传标记而得到广泛应用。同时，随着DNA提取技术的不断提高，以微量DNA材料为标本开展的相关研究越来越受到人们的重视。以PCR为基础的微卫星分析，其最大优点是对模板DNA的要求较低，纳克量或部分断裂的DNA都能得到有效的分析，因此微卫星标记越来越多的应用于那些缺乏遗传关系信息的濒危动物的研究。近年来，随着对濒危动物保护遗传学研究的日益重视和加强，微卫星分子标记已被用来解释濒危物种的进化历史、种群遗传结构分析、辅助种群调查、亲缘关系鉴定和近缘物种及杂交个体鉴别等保护生物学所特别关注的论题。这些研究所得的遗传数据提供了制定物种保护的可靠依据，证实了微卫星分子标记在保护遗传学研究中所占据的重要位置。

然而，虽然微卫星分子标记因其众多优点而在濒危动物遗传保护研究中得到越来越多的应用，并极大地提高了保护工作的有效性。但微卫星分子标记在使用上仍有不足之处。例如，虽然有研究发现微卫星DNA侧翼序列在近缘物种间具有一定的保守性，然而对一些珍稀物种，当缺乏相关近缘物种微卫星序列信息参考的情况下，则需要进行微卫星微点的筛选和特异引物的开发。而且，濒危物种普遍具有较低的遗传多样性，因此获得多态性的微卫星位点显得更困难而且更重要。

朱鹮，世界濒危物种及国家一级重点保护动物，隶属鸟纲鹈形目鹮科朱鹮属，是一种中等体型的涉禽，曾经广泛分布于东亚的中国、俄罗斯远东地区、朝鲜半岛和日本等地。19世纪末20世纪初，由于人类活动等原因朱鹮种群数量大幅减少，俄罗斯、朝鲜半岛和日本的野生个体相继绝迹，直到1981年科研人员在我国陕西省洋县秦岭山中重新发现了7只野生朱鹮，这7只个体也成为了当前全球范围内所有已知个体的奠基者。但是，目前这些朱鹮的遗传多样性如何？野生种群与圈养种群之间是否产生了遗传分化？人工种群的繁殖策略是否合理？采用什么样的繁殖策略才能最大限度地保护人工种群的遗传多样性？能否对部分圈养种群进行野外放归等问题仍然不得而知，这在

一定程度上限制了物种完善的保护策略与保护计划的制定。

因此，鉴定朱鹮微卫星多态位点，筛选朱鹮微卫星特异引物，才能针对上述的一些问题开展研究，为政府主管部门制定朱鹮的保护和管理策略提供科学依据。幸运的是，越来越多的物种的参考基因组已经完成测序并发布，这为我们在全基因组水平上大批量得获取微卫星数据提供方便。前人使用物种参考基因组筛选微卫星的方法，存在两方面的缺陷：1、引物设计特异性较差，容易产生非特异性扩增；2、筛选的位点多态性较低,后续需要花费较多的时间和成本进行进一步筛选。本发明利用已经公开的朱鹮参考基因组序列，通过多轮比对筛选，确保引物具有较高特异性；同时使用结合可公开获取的基因组测序原始序列进行比对筛选，使用一个个体的基因组数据，便可获得多态性更高的朱鹮微卫星位点信息并设计特异引物。

发明内容