[发明专利]一种检测EGFR突变位点的引物探针组合和试剂盒及其应用

说明书

本发明提供了用于检测EGFR基因18外显子、19外显子、20外显子、21外显子上特定突变的引物探针组合，和包含所述引物探针组合的用于多重液滴数字PCR检测EGFR突变位点的试剂盒，及其应用和使用方法。本发明的引物探针组合或试剂盒可高通量的检测EGFR基因29种突变位点，特异性强、灵敏度高、稳定性好，在非小细胞肺癌EGFR基因突变检测上具重要意义，可以动态指导患者用药治疗。

技术领域

本发明涉及分子生物学领域，具体地，涉及肿瘤检测领域，更具体，涉及一种检测EGFR突变位点的引物探针组合、试剂盒及其应用和使用方法。

背景技术

非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)约占肺癌的80％，大多数NSCLC在诊断时即处于进展期，对于具有EGFR敏感突变基因的患者来说，靶向治疗为其标准治疗。肿瘤组织的分子异常存在异质性，具有更高EGFR突变“丰度”的肿瘤患者可能从TKIs中获益更多，仅仅定性分析突变来指导靶向治疗已不能满足临床需求。

随着数字PCR(digital PCR,dPCR)、二代测序(next generation sequencing,NGS)等方法的出现，定量检测EGFR突变已经成为可能。多项临床试验证明，患者服用靶向药物过程中，可选择进行多次的动态监测血液中与药效相关驱动基因的突变丰度，以提示药物疗效评估患者病情进展，在此领域的应用中，高灵敏度、价格低廉的数字PCR技术具有极大优势。另外数字PCR技术验证临床样本中低于传统方法最低检出限的疑似阳性突变位，灵敏度和准确性更高，进而最大限度保证检测结果的全面和准确。

本发明旨在提供一种多重液滴数字PCR检测EGFR突变位点的试剂盒，可高通量检测EGFR基因29种突变位点，特异性强，灵敏度高。

发明内容

在本发明的一个方面，本发明提供了用于检测EGFR基因18外显子、19外显子、20外显子、21外显子上特定突变的引物探针组合，其特征在于，所述引物探针组合包含下列中的一种或多种：

18外显子：

G719X

G719X-F：5’-GATCAAAGTGCTG-3’(SEQ ID NO:1)

G719X-R：5’-GTTCGGCACGGTGTA-3’(SEQ ID NO:2)

G719X-P1：5’-ROX-CGGAGGCCAGCAC-MGB-3’(SEQ ID NO:3)

G719X-P2：5’-ROX-CCGGAGCACAGCAC-MGB-3’(SEQ ID NO:4)

G719X-P3：5’-ROX-CCGGAGCTCAGCAC-MGB-3’(SEQ ID NO:5)

19外显子：

19del-F：5’-AAAGTTAAAATTCCCGTCGC-3’(SEQ ID NO:6)

19del-R：5’-TTTCCTTGTTGGCTTTCGGA-3’(SEQ ID NO:7)

19del-P1：5’-FAM-CAAGGAGCCAACATCT-BHQ-3’(SEQ ID NO:8)

19del-P2：5’-FAM-CAAGGAACCAACATCTCC-BHQ-3’(SEQ ID NO:9)

19del-P3：5’-CY5-CGCTATCAAGTCTCC-MGB-3’(SEQ ID NO:10)

19del-P4：5’-CY5-CGCTATCAAGGAATAAGCC-BHQ-3’(SEQ ID NO:11)