[发明专利]微卫星标记鉴定鲫鱼倍性的方法及其应用

说明书

本发明公开了微卫星标记鉴定鲫鱼倍性的方法，所述方法包括以下步骤：(1)开发微卫星序列，设计、筛选引物；(2)采集鲫鱼尾部鳍条，提取基因组DNA；(3)以鳍条基因组DNA为模板进行PCR扩增；(4)将步骤(3)获得的PCR扩增产物用ABI3730测序仪进行毛细管电泳检测；(5)分析ABI3730测序仪的峰值图。与现有技术相比，本发明具有以下优点：(1)本发明所述的微卫星标记具有特异性强，灵敏度高，扩增效率好的优点；(2)本发明所述方法较传统的染色体核型以及流式细胞方法操作性强，成本降低，时间缩短；(3)本发明所述方法在不损伤鱼体的前提下能够准确、快速的鉴定鲫鱼倍性。

技术领域

本发明属于分子生物学技术领域，涉及一种采用分子标记的方法鉴定鲫鱼种质的方法，具体为微卫星标记鉴定鲫鱼倍性的方法及其应用。

背景技术

鲫鱼在分类上属鲤科，鲤亚科，鲫属，广泛分布在中国、日本、朝鲜半岛，后移植引种驯化到印度、北美和世界各地，适应能力极强，目前世界各地均有分布。鲫有两个亚种：鲫(Carassius auratus)和银鲫(Carassius auratus gibelio)，以及红鲫、白鲫、金鱼等多个变种。它们染色体数目各异，倍性不一，目前认为：银鲫是三倍体物种(3n＝150+)，如方正银鲫；红鲫、白鲫和金鱼为二倍体物种(2n＝100)。在长江以及大型湖泊水域中，同时存在染色体数不同的鲫鱼，有二倍体，三部体，甚至还存在少量的四倍体群体，但很难通过外形以及侧线鳞数目来判断鲫鱼倍性。为了更好的利用和保护鲫鱼种质资源，需要对鲫鱼进行倍性鉴定。

鲫鱼多倍体的鉴定，可通过染色体制备或流式细胞仪来完成，虽然结果准确，但费时费力，特别是鉴定大批量的个体时，比如繁殖用的亲本，很难通过上述方法完成。此时更需要一种快速批量化的方法来鉴定鲫鱼多倍体。微卫星标记(Microsatellite)，是广泛分布在真核生物基因组中的简单重复序列，其位点通过PCR扩增，ABI3730测序仪对荧光标记的DNA片段进行检测，结合分子量内标进行DNA片段长度计算，使STR分型变得高效快捷，结果也更加精确。

发明内容

解决的技术问题：为了克服现有技术的不足，获得一种快速、准确地鲫鱼倍性鉴定方法，本发明提供了微卫星标记鉴定鲫鱼倍性的方法及其应用。

技术方案：微卫星标记鉴定鲫鱼倍性的方法，所述方法包括以下步骤：

(1)开发微卫星序列，设计、筛选引物，选用的11对微卫星引物为：Caraur1，SEQ IDNO.1～2；Caraur 2，SEQ ID NO.3～4；Caraur3，SEQ ID NO.5～6；Caraur4，SEQ ID NO.7～8；Caraur5，SEQ ID NO.9～10；Caraur6，SEQ ID NO.11～12；Caraur7，SEQ ID NO.13～14；Caraur8，SEQ ID NO.15～16；Caraur9，SEQ ID NO.17～18；Caraur10，SEQ ID NO.19～20；Caraur11，SEQ ID NO.21～22；

(2)采集鲫鱼尾部鳍条，提取基因组DNA；

(3)以鳍条基因组DNA为模板进行PCR扩增；

(4)将步骤(3)获得的PCR扩增产物用ABI3730测序仪进行毛细管电泳检测；

(5)分析ABI3730测序仪的峰值图。

优选的，步骤(1)中的引物采用荧光标记，具体为：Caraur1，Caraur4，Caraur7，Caraur8，Caraur11的荧光染料标记物为FAM；Caraur 2，Caraur3，Caraur5，Caraur6，Caraur9，Caraur10的荧光染料标记物为HEX。

11对微卫星引物的具体信息如表1所示：

表1 11对微卫星引物具体信息