[发明专利]核酸探针和检测基因组片段的方法

说明书

本文尤其提供一种处理核酸样本的方法。在一些实施方案中，所述方法包括：a)使包含靶片段的样本与核酸探针杂交，所述核酸探针包含：i.头部序列和尾部序列，其中所述头部序列和所述尾部序列在第一寡核苷酸分子的末端处；以及ii.夹板序列，所述夹板序列依次包含：与所述头部序列互补的上游侧翼序列、与所述靶片段互补的靶标互补序列以及与所述尾部序列互补的下游侧翼序列；从而产生杂交产物，其中所述靶片段的末端可连接地邻近所述第一寡核苷酸分子中的头部序列和尾部序列的末端；以及b)将所述靶片段的末端连接至所述第一寡核苷酸分子的头部序列和尾部序列的末端，从而产生包含所述靶片段以及所述头部序列和尾部序列的环状产物。还提供用于进行所述方法的探针和试剂盒。

本申请是申请日为2014年11月26日、申请号为 201480072154.X的同名申请的分案申请。

交叉引用

本申请要求2013年12月2日提交的英国申请号1321191.7的权益，所述申请以引用的方式并入本文。

发明领域

本公开涉及用于检测生物样本中的特定核酸序列的探针，尤其是用于在并行检测多个特定序列的多重方法中使用的探针，并且涉及其中这类探针用于检测核酸的片段的方法。具体地说，本公开涉及靶向来自特定染色体的DNA片段以供下游分析。

背景

人单倍体基因组包含包装在23条染色体中的30亿个碱基对，并且二倍体基因组具有在23对染色体中的60亿个碱基对。现代测序技术的快速性和便利性使得许多诊断问题能够使用个体的整个基因组或样本中的DNA的总量的高通量测序来研究。然而，对于许多DNA诊断应用来说，仅需要研究基因组的子组，从而集中于已知与所研究的特定病症相关的一个或多个区域。

已描述了用于在分析之前降低基因组的复杂性的许多技术。在仅需要分析基因组的单个短区的情况下，这可使用直接PCR来使用任一侧上的已知区域的引物扩增序列来进行。然而，当希望扩增基因组样本的许多区域以供分析时，扩增假象可作为在同一反应混合物中一起执行多个不同扩增的结果出现。

WO2003/044216(Parallele Bioscience,Inc.)和US20090004701A1 (MalekFaham)描述了一种多重扩增靶核酸的方法，其中常见寡核苷酸引物被连接至单链核酸片段内部的位点。共同引发位点被附加至多个不同靶序列中的每个以允许其化学计量扩增。

WO2005/111236(Olink AB)也描述了一种通过扩增特定靶序列鉴别人基因组中的序列的方法。所述方法涉及将基因组样本片段化成具有至少一个确定的末端序列的片段。使全部包含引物对基序的选择子构建体(selector construct)与所述片段相接触。在连接之后，使用对与选择子共有的引物对基序具有特异性的引物对并行扩增所选择的靶序列。在WO2005/111236中描述的选择子构建体具有与短寡核苷酸杂交的长寡核苷酸，每个选择子构建体具有与含有靶序列的片段的限定末端序列互补的一个或两个突出末端。使所述选择子与靶片段接触导致所述靶片段在一个或多个选择子的突出末端之间的杂交。在具有两个突出末端的单个选择子的情况下，这种杂交产生环化构建体。在各自具有一个突出端的一对选择子的情况下，这形成线性构建体。含有靶片段的选择子构建体的连接和测序允许测定靶序列。因为选择子构建体仅与含有靶序列的片段的末端部分杂交(或与一个末端部分和一个内部部分杂交)，因此所述方法允许选择在非杂交部分中不同的靶序列，以使得每个选择子分子能够与多种不同的靶序列杂交。然后通过对构建体进行扩增和测序来确定精确靶标的身份。 WO2005/111236提议在分析遗传变异性的方法中使用选择子或使用选择子用于DNA拷贝数测量。