[发明专利]西瓜肉色主效基因及其InDel分子标记和应用

说明书

本发明公开了一种西瓜肉色主效基因及其InDel分子标记和应用，该西瓜肉色主效基因的InDel分子标记，位于西瓜6号染色体21861691bp处，核苷酸序列为GAGCCCGAGCCC。设计该InDel分子标记的引物，并提供一种西瓜肉色基因型的鉴定方法。设计该西瓜肉色主效基因的引物，并提供一种西瓜肉色基因表达水平的检测方法。将所述的分子标记、所述引物或所述的方法在西瓜肉色分子标记辅助选择中的应用。本发明的分子标记能够在苗期准确快速的鉴定出西瓜红肉或者粉肉，准确性高、检测方便，不受环境因素的影响，可广泛应用于西瓜肉色的鉴定和育种。

技术领域

本发明涉及基因育种技术领域，具体涉及一种西瓜肉色主效基因及其InDel分子标记和应用。

背景技术

西瓜（Citrullus lanatus）属葫芦科植物，西瓜有红、粉、黄、白等瓤色，西瓜肉色的不同是由于所含类胡萝卜素的组成与含量不同。西瓜红色及粉色果肉中含有番茄红素，以及少量的八氢番茄红素、六氢番茄红素、δ-胡萝卜素、α-胡萝卜素、叶黄素、玉米黄质和紫黄质等多种色素。

随着DNA 分子标记技术的快速发展，西瓜肉色基因的研究有了一定的进展。吕品等通过对类胡萝卜素合成代谢相关酶基因的转录调控的研究发现，其对不同瓤色西瓜果实类胡萝卜素的组成具有十分重要的影响。合成酶基因（包含GGPS）的表达上调以及代谢酶基因 NCEDs 的表达下调导致红瓤和粉瓤西瓜果实中积累大量的类胡萝卜素。 中国专利文献CN 104711353 A中，根据SNP 突变位点开发出一种与西瓜果肉颜色相关的CAPS分子标记MluI-6，该标记与西瓜番茄红素β-环化酶基因紧密连锁。中国专利文献CN 105713971 A中，开发出与西瓜果肉颜色相关的InDel分子标记InDel19_fc6。

然而，经本发明人长期研究发现，西瓜果实瓤色有关遗传基因的鉴别、类胡萝卜素合成代谢的调控机制等的研究仍较少，分子标记辅助选择西瓜肉色育种应用仍不够广泛，选择效率和准确率都比较低，如中国专利文献CN 105713971 A中开发出与西瓜果肉颜色相关的分子标记InDel19_fc6在自然群体中验证的准确率仍不够高，对自然群体的验证仍存在较大误差。

因此，亟待开发一种与西瓜肉色紧密连锁的、易于操作的、准确率更高的分子标记，以期可以极大加速基因定位，对西瓜肉色改良育种具有重大意义。

发明内容

本发明要解决的技术问题是提供一种西瓜肉色主效基因FC6-1及其InDel分子标记和应用，以期能够在苗期准确快速的鉴定出西瓜果肉颜色，加快西瓜果肉颜色育种进程。

为解决上述技术问题，本发明采用如下技术方案：

研究筛选出一种西瓜肉色主效基因FC6-1的InDel分子标记，其位于西瓜6号染色体21861691bp处，其核苷酸序列为GAGCCCGAGCCC。

利用PERL自编程序提取插入缺失相应位置前后各500bp的序列，筛选出西瓜肉色主效基因FC6-1的InDel分子标记的引物如下：

上游引物序列为GACCCTGCATACGAGCCT；

下游引物序列为GGGATTGGAGCTGGAATT。

提供一种西瓜肉色基因型的鉴定方法，包括以下步骤：

（1）采用CTAB法提取西瓜叶片DNA；

（2）PCR扩增：利用上述InDel分子标记的引物对，对待测样品进行PCR扩增；

所述扩增体系为：西瓜叶片总DNA (100ng/μL) 1μL、InDel分子标记上游引物 (10μM) 1μL、InDel分子标记下游引物 (10μM) 1μL、2 × Power Taq PCR MasterMix 12.5μL、ddH₂O 9.5μL；