[发明专利]HBEGF基因片段作为猪繁殖性状相关的遗传标记

说明书

本发明属于猪的遗传标记制备技术领域，具体涉及HBEGF基因片段作为猪繁殖性状相关的遗传标记，该遗传标记从猪HBEGF基因中筛选得到，其核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示，在该序列274位碱基处发生一个T/C碱基突变，导致HBEGF基因的多态性。本发明的步骤为：从猪血液中提取基因组DNA，设计引物，PCR扩增，PCR产物克隆、测序，序列比较分析，SNP检测，标记与猪繁殖性状间相关性分析。公开了猪HBEGF基因内含子区内的SNP分型检测技术，发现该T/C突变位点与初生窝重和弱仔数等繁殖性状极显著相关。本发明为猪标记辅助选择提供了新的标记资源。

技术领域

本发明属于动物遗传标记筛选技术领域，具体涉及HBEGF基因片段作为猪繁殖性状相关的遗传标记。所述的遗传标记分离自HBEGF基因片段。

本发明还包括所述的遗传标记在猪辅助选择关联分析中的应用。

背景技术

繁殖性状是猪的重要经济性状，主要包括初生窝重、总产仔数、健仔数和弱仔数等，是典型的由微效多基因控制的数量性状，并且受环境影响。利用分子标记辅助选择(Marker Assisted Selection，MAS)技术，通过对繁殖性状基因或与之连锁的遗传标记的选择，实现对控制性状的数量性状基因座位(Quantitative Trait Loci，QTL)的选择，寻找对繁殖性状有明显效应的主效基因，进而应用于猪繁殖性状的改良，对于培养优良品种具有重要的意义。

猪分子育种的研究和应用也在快速发展，并发现了一些与生产性状有关联的基因，并定位了繁殖性状相关的数量性状基因座(QTL)。其中，猪产仔数的QTL定位在SSC4、SSC7、SSC11、SSC12、SSC14、SSC17等；猪初生重QTL位于SSC1、SSC12、SSC13上。

肝素结合表皮生长因子(heparin binding EGF like growth factor，HBEGF)是表皮生长因子家族中的一员，能够直接调控胚胎着床，是着床期很重要的细胞因子^[1]。有研究报道，在人的子宫内膜间质中，HBEGF蛋白表达在增殖后期显着增加，而在分泌早期则显着降低^[2]。Das等^[3]则证实HBEGF高表达于胚泡植入部位的子宫内膜，而在假孕小鼠的子宫内膜内低表达。而HBEGF的高表达与胚胎着床有关^[4]，能够直接介导胚胎的定位和植入^[5]。另外，通过全基因组关联分析(Genome wide association study，GWAS)在2号染色体上筛选一个了与妊娠期相关的区域，并定位在HBEGF基因^[6]。这些研究结果说明HBEGF基因对于猪的繁殖能力有一定的影响。在本发明中，申请人克隆了大白猪HBEGF基因序列，发现该基因在大白猪群体中存在一个SNP位点。推测此SNP位点与大白猪繁殖性状差异显著。

发明内容

本发明的目的在于克服现有技术的缺陷，筛选一种与猪繁殖性状关联的遗传标记。通过克隆大白猪HBEGF基因包含第一外显子以及第一内含子在内的序列，运用直接测序法寻找SNP位点，并通过Sequenom质谱法进行基因分型，分析该突变位点与大白猪繁殖性状的关联性。从而为猪的繁殖性状建立新的标记辅助选择位点。

本发明获得了大白猪HBEGF基因第六外显子与第五内含子序列片段(即HBEGF基因的部分核苷酸序列)，该片段长度为826bp，其核苷酸序列如序列表SEQ ID NO：1所述，通过在NCBI网站对上述序列进行blast比对，在该扩增片段内发现一处核苷酸多态性(SNP)位点，该SNP位点如图2所示。其突变位点具体在该序列274bp处，(即在该序列的第274位碱基处，发生一个等位基因的突变)。申请人将在本说明书中涉及到该突变的位点都命名为T274C。

选择大白猪为试验材料，从猪血液中提取全基因组DNA，根据NCBI数据库公布的猪HBEGF基因序列(基因登陆号见实施例1所述)设计引物对，该引物对的DNA序列如下所示：