[发明专利]大豆抗炸荚主效QTLqPD05及其定位方法和应用

权利要求书

1.用于大豆抗炸荚主效QTLqPD05的分子标记的扩增引物，其特征在于，所述主效QTL被定位在大豆第5号染色体上，物理位置在40448596-40703417之间；

所述40448596-40703417的遗传距离为29.653～30.04cM；

所述分子标记的扩增引物包括正向引物和反向引物；所述正向引物具有如序列表中SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列；所述反向引物具有如序列表中SEQ ID NO.2所示的核苷酸序列。

2.大豆抗炸荚主效QTLqPD05的定位方法，其特征在于，包括以下步骤：

(1)以炸荚大豆和抗炸荚大豆为亲本构建第五代和第六代重组自交系，将炸荚大豆、抗炸荚大豆与所述第五代重组自交系同时播种，将炸荚大豆、抗炸荚大豆与所述第六代重组自交系同时播种，得到两年的炸荚大豆、抗炸荚大豆和重组自交系大豆样本；

(2)分别提取两年的炸荚大豆、抗炸荚大豆和重组自交系大豆样本的DNA，得到炸荚大豆、抗炸荚大豆和重组自交系大豆的基因组DNA；

(3)利用所述炸荚大豆、抗炸荚大豆和重组自交系大豆的每个样本基因组DNA分别构建SLAF文库，将构建的SLAF文库单独测序，得到原始测序数据；

(4)对所述原始测序数据进行过滤，选择每个reads中间4～103bp作为分析数据；

(5)将所述分析数据比对到参考基因组，每个reads的双端比对到同一个位置的reads为同一个SLAF标签，然后根据等位基因数和基因序列之间的差异对所述SLAF标签进行多态性分析，得到多态性SLAF标签；

(6)将所述多态性SLAF标签进行过滤，得到筛选后的多态性SLAF标签；

所述过滤是删除具有以下情况的多态性SLAF标签：

a.所述亲本测序深度10×以下的多态性SLAF标签；

b.含大于5个SNP位点的多态性SLAF标签；

c.不足以覆盖所有子代70％的基因型个体的多态性SLAF标签；

(7)将所述筛选后的多态性SLAF标签与参考基因组比对定位，所述筛选后的多态性SLAF标签定位到20条染色体，以每个染色体作为连锁群，计算每个连锁群上相邻的多态性SLAF标签间的遗传距离，得到高密度遗传图谱；

(8)根据高密度遗传图谱采用完备区间作图法，对两年的大豆炸荚表型与炸荚性状的相关性进行QTL定位，得到大豆抗炸荚主效QTL区间qPD05；

所述主效QTL被定位在大豆第5号染色体上，物理位置在40448596-40703417之间；

所述40448596-40703417的遗传距离为29.653～30.04cM。

3.根据权利要求2所述的定位方法，其特征在于，所述步骤(2)中重组自交系大豆样本的数量为200～300个。

4.根据权利要求2所述的定位方法，其特征在于，所述步骤(1)中炸荚大豆作为父本；所述抗炸荚大豆作为母本。

5.根据权利要求2或4所述的定位方法，其特征在于，所述炸荚大豆的品种为黑河18号；所述抗炸荚大豆的品种为黑河43号。

6.根据权利要求2所述的定位方法，其特征在于，步骤(3)中单独测序时，炸荚大豆SLAF文库的测序深度为39.74×；抗炸荚大豆SLAF文库的测序深度为34.87×；重组自交系大豆SLAF文库的测序深度为12.35×。

7.根据权利要求2所述的定位方法，其特征在于，所述步骤(4)中过滤的标准如下：过滤掉含有接头序列的reads；过滤掉N含量超过该条read长度比例10％的reads。

8.根据权利要求2所述的定位方法，其特征在于，所述步骤(7)中在遗传距离计算前还包括对所述多态性SALF标签进行第二过滤；所述第二过滤的标准是通过计算两两多态性SLAF标签之间的MLOD值，过滤掉MLOD值均低于5的多态性SLAF标签。

9.权利要求1所述大豆抗炸荚主效QTLqPD05的分子标记的扩增引物在扩增大豆抗炸荚主效QTLqPD05的分子标记中的应用。