[发明专利]黄毛鼠微卫星DNA标记及其扩增引物、检测方法和应用

说明书

本发明公开了一种黄毛鼠微卫星DNA标记及其扩增引物、检测方法和应用。本发明通过黄毛鼠微卫星(CT)n，(AG)n，(TG)n和(AC)n富集文库的构建，含微卫星序列的阳性克隆的筛选及测序，得到的含有微卫星重复序列的克隆，确定了8个多态性丰富的微卫星标记chrom1‑26、chrom2‑2、chrom15‑6、chrom16‑6、chrom16‑12、chrom20‑9、chrom20‑37和chrom‑16，其核苷酸序列分别如SEQ ID NO.1‑8所示。本发明的黄毛鼠微卫星DNA标记可应用于黄毛鼠不同群体遗传多样性研究以及亲权关系鉴定的研究，重复性好，是一种可靠有效的分子标记。

技术领域：

本发明属于分子标记技术领域，具体涉及黄毛鼠微卫星DNA标记及其扩增引物、检测方法和应用。

背景技术：

微卫星DNA广泛存在于原核及真核基因组中，常见的有二、三、四核苷酸重复序列，占真核基因组的50％，由串联的2-6bp的简单序列重复排列(如：AC、CCA或GATA、SSR)组成。最常见的是双核苷酸重复，如(AC/TG)n及(AG/TC)n。每个特定位点的微卫星DNA均由两部分构成：中间的核心区和外围的侧翼区。生物体中有不同个体表现为侧翼区相同而串联重复单位的数目不同；也有可能有相同数目的重复单位但侧翼区大小不同，或者两者都不同。对非微卫星DNA位点的DNA RFLP研究表明，每个位点的RFLP仅能检测到1至数个等位基因。故一般认为微卫星DNA位点的侧翼区变异数极少，特定微卫星位点的等位基因差异，主要应来自不同数目的串联重复。

微卫星标记因高突变性、共显性表达及其在真核生物基因组中的普遍性，已广泛用于群体遗传学研究、亲缘关系鉴定、及遗传连锁图谱构建和QTL分析中。微卫星位点作为遗传标记与其他常用核DNA分子标记(包括RFLP、RAPD、AFLP等)和等位酶标记相比，具有以下优点：①作为一种高度多态性的分子标记，微卫星DNA具有丰度高、共显性标记、选择中性的特点；②微卫星采用单位点DNA指纹技术，检测容易，重复性较好；③微卫星DNA扩大了取样范围，减轻了取样工作的困难和对研究对象的影响；④微卫星的出现为种群生物学提供了空前丰富的遗传信息资料，同时也促进了相应统计分析方法的发展。

黄毛鼠为啮齿目鼠科大鼠属(Rattus)的野栖鼠种，是我国华南地区及东南亚水稻生产区最重要的害鼠之一，主要分布于长江以南及湖北、安徽等地区。黄毛鼠在平原、丘陵和山区农田数量较多，喜居于稻田、甘蔗地、菜地、灌木丛、塘边、沟边的杂草中。黄毛鼠为杂食性鼠类，喜取食水稻、红薯、小麦等，对早熟的水稻危害严重。在缺乏植性食物时，该鼠也取食小动物和昆虫。黄毛鼠一年中以3、4月份和8、9、10月份两个时期为繁殖高峰(余全茂和刘思松，1997)。黄毛鼠的种群数量变化受食物、气候和环境因子的影响，也有种群内密度调节等因素的作用。

随着分子生物学技术和分子遗传学的迅速发展，分子标记作为个体识别工具的优势逐渐凸显出来，现己成为遗传多样性检测、种群结构和物种种间关系等方面的分析手段之一。黄毛鼠是华南地区主要害鼠之一，其种群间交流和婚配制度尚未有系统深入的研究。黄毛鼠分子生态学的研究目前没有国内研究报道，国外这方面的研究也相对较少，为了进一步了解黄毛鼠种群结构和遗传多样性等方面的信息，需要开发新的分子遗传标记。本研究是目前对黄毛鼠的微卫星位点进行研究，运用其就黄毛鼠群体地理遗传差异进行研究，为以后关于黄毛鼠乃至啮齿动物相关领域的探讨提供了研究基础。

发明内容：

本发明的目的在于克服现有技术中的不足，提供一种黄毛鼠微卫星DNA标记及其扩增引物、检测方法和应用。本发明建立了黄毛鼠微卫星DNA的技术体系并利用这些分子标记进行黄毛鼠亲缘关系鉴定及遗传多样性的分析。

本发明通过黄毛鼠微卫星(CT)n，(AG)n，(TG)n和(AC)n富集文库的构建，含微卫星序列的阳性克隆的筛选及测序，得到的含有微卫星重复序列的克隆，确定了8个多态性丰富的微卫星标记chrom1-26，chrom2-2，chrom15-6，chrom16-6，chrom16-12，chrom20-9，chrom20-37，chrom-16。