[发明专利]一种简单便捷检测SNP的新方法

说明书

本发明公开了一种简单便捷检测SNP的新方法。本发明提供了的引物组；引物组Ⅰ包括两条上游引物和一条下游引物；FX1引物和FY1引物的差别：3’末端第1位核苷酸，FX1引物对应特异SNP的X多态，FY1引物对应Y多态；FX1引物和FY1引物均为碱基错配引物；引物组Ⅱ包括两条上游引物和一条下游引物；FX2引物和FY2引物差异：3’末端第1位核苷酸不同，FX2引物对应特异SNP的X多态，FY2引物对应Y多态；FY2引物的5’端增加10‑20个随机核苷酸；FX2引物和FY2引物均为碱基错配引物。本发明提供的引物组可广泛应用于各类目标SNP位点的检测中，具有广阔的应用前景。

技术领域

本发明属于生物技术领域，具体涉及一种简单便捷检测SNP的新方法。

背景技术

生命的遗传信息存贮在DNA序列之中，每一个细胞的全部DNA构成了该生物的基因组。基因组DNA序列的变异是物种遗传多样性的基础，单核苷酸的变异是DNA序列的最基本的变异形式。随着全基因组测序技术的飞速发展，大量的单核苷酸多态性(singlenucleotide polymorphisms，SNP)数据被挖掘出来，作为基因组特征性标记得到了广泛的应用，并成为分子育种的第三代分子标记。

SNP标记是基于单核苷酸多态性开发的，主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。SNP标记数量多、分布广，是目前最具发展潜力的分子标记，以其二态性、高密度、高代表性、高遗传稳定性等优点，在作物遗传育种和功能基因组学等研究领域发挥着越来越大的作用。

随着技术的发展，出现了多种SNP基因分型的方法。全基因组测序和SNP芯片杂交是发现SNP最高效直接的方法，但是这两种方法需要大型的仪器以及操作非常熟练的技术人员，适合于高通量检测多个SNP位点。Taqman探针法、竞争性等位基因特异性(KASP)检测及高分辨率溶解曲线(HRM)可通过Real-Time PCR仪器实现对确定的目标SNP位点的检测，但是这三种方法都需要借助荧光染料来实现SNP分型，相比于普通PCR，价格仍然较高，且这三种检测方法对DNA质量、DNA浓度以及仪器操作人员的技术水平要求较高，轻微的样品污染或者浓度的不均一即可导致假阳性的发生，导致部分结果重复性较差，影响检测结论。因此开发操作简单、重复性好的SNP标记检测方法对进一步推动SNP标记的应用具有重要意义。

发明内容

本发明的目的是提供一种简单便捷检测SNP的新方法。

本发明首先保护用于检测特异SNP位点基因型的引物组，为引物组Ⅰ或引物组Ⅱ；

所述特异SNP的多态形式为X/Y多态；

引物组Ⅰ包括两条上游引物和一条下游引物；将两条上游引物分别命名为FX1引物和FY1引物，将一条下游引物命名为R1引物；FX1引物和FY1引物的差别仅在于3’末端开始计的第1位核苷酸，FX1引物对应特异SNP的X多态，FY1引物对应特异SNP的Y多态；FX1引物和R1引物组成引物对甲，FY1引物和R1引物组成引物对乙；引物对甲和引物对乙的靶序列中均具有所述特异SNP位点；FX1引物和FY1引物均为单碱基错配引物或两碱基错配引物；所述单碱基错配引物中具有错配碱基的核苷酸为3’末端开始计的第2位核苷酸；所述两碱基错配引物中具有错配碱基的核苷酸位于3’末端开始计的第2位核苷酸和第3位核苷酸；