[发明专利]一种基于序列比对的分析DNA突变类型的方法

权利要求书

1.一种基于序列比对的分析DNA突变类型的方法，其特征在于，包括以下步骤：

步骤1：在所述计算机中输入野生型DNA1和突变型DNA2序列；

步骤2：比对野生型DNA1和突变型DNA2序列，确定第一个不同的突变碱基i，并比对i后三位碱基i+1、i+2和i+3是否相同，若DNA1和DNA2中i+1～i+3三位碱基比对相同转步骤3；若不同则转步骤4；

步骤3：判断突变碱基i是否导致终止密码子的形成，是则判断突变类型为无意义突变，计算机输出结果，结束；否则判断为错义突变，计算机输出结果，结束；

步骤4：在碱基i的基础上滑动N个碱基，其中N≥1，直到发现DNA1和DNA2中i+1～i+3三位碱基比对相同，则滑动停止，进入步骤5；

步骤5：根据步骤4滑动的碱基个数N进行判断，若滑动碱基个数N＝1，则判断突变类型为插入突变和缺失突变，计算机输出结果，结束；若滑动碱基个数N≠1则进行步骤6；

步骤6：判断滑动碱基个数N是否被3整除，是则判断为重复延伸，输出结果，结束；否则判断为复制突变，计算机输出结果，结束。

2.权利要求1所述的方法在判断突变类型、突变位置和碱基变化情况中的应用。

3.一种基于序列比对的分析DNA突变类型的方法的装置，其特征在于，所述装置包括：用于收集识别野生型DNA1和突变型DNA2序列信号的软件，用于比对分析所述DNA序列的计算机，所述计算机被编程以便执行如下步骤:

步骤1：比对野生型DNA1和突变型DNA2序列，确定第一个不同的突变碱基i，并比对i后三位碱基i+1、i+2和i+3是否相同，若DNA1和DNA2中i+1～i+3三位碱基比对相同转步骤2；若不同则转步骤3；

步骤2：判断突变碱基i是否导致终止密码子的形成，是则判断突变类型为无意义突变，结果输出，结束；否则判断为错义突变，结果输出，结束；

步骤3：在碱基i的基础上滑动N个碱基，其中N≥1，直到发现三个相同的碱基滑动停止，进入步骤4；

步骤4：根据步骤3滑动的碱基个数N进行判断，若滑动碱基个数N＝1，则判断突变类型为，输出结果，结束；若滑动碱基个数N≠1则进行步骤5；

步骤5：判断滑动碱基个数N是否被3整除，是则判断为重复延伸，输出结果，结束；否则判断为复制突变，输出结果，结束。

4.一个存储有计算机程序的计算机可读存储介质，所述计箅机程序使计箅机执行如权利要求1所述的步骤。