[发明专利]一种基于核心系谱品种的高密度分子标记辅助聚合育种方法

权利要求书

1.一种基于核心系谱品种的高密度分子标记辅助聚合育种方法，其特征在于包括如下步骤：

（1）核心系谱品种和需要引入的外源品种进行重测序或SNP芯片检测，得到SNP分型结果；

（2）利用分型结果，结合性状关联的基因组区段信息，分析确定核心系谱品种需要引入的外源片段信息；

（3）将核心系谱品种与需要引入的外源品种杂交，获得F1代；

（4）F2群体大批量种植，F2群体先利用步骤（2）确定的外源片段内部SNP标记对F2进行筛选，筛选出尽可能多的包含外源片段的F2单株，接着根据表型进行进一步筛选出偏向某一亲本或具有某些表型值的F2单株；或者先根据表型筛选出偏向某一亲本或具有某些表型值的F2单株，再利用步骤（2）确定的外源片段内部SNP标记对F2进行筛选，筛选出尽可能多的包含外源片段的F2单株，具体操作根据资金与育种目标和条件而定；

（5）步骤（4）筛选后的F2单株不断进行自交，在这个过程中根据表型不断保留优质株，直至优良性状稳定；

（6）根据表型挑选优质株，进行重测序或SNP芯片基因分型，以核心系谱品种为参考进行染色体片段来源分析，保留遗传背景与核心系谱品种最接近的3～5株结果，再经过1～2代的田间选择和表型考察，选育出1个株系成为自交系品种；

（7）重复步骤（1）～（6），通过核心系谱品种与众多优良品种进行杂交、自交、筛选，得到一系列以核心系谱品种为主要遗传背景的自交系品种；

（8）整合利用步骤（7）得到的一系列以核心系谱品种为主要遗传背景的自交系品种，进行聚合育种，实现快速定向育种，培育优良品种；

（9）对于亲缘关系较接近、农艺性状差异不大的品种，在步骤（2）时先将需要引入的外源品种杂交，在F1′代或高世代通过与核心系谱品种复交将外源片段引入，再进行步骤（3）～（6）即实现多基因快速聚合，培育优良品种；

所述的核心系谱品种为水稻核心系谱品种。

2.根据权利要求1所述的基于核心系谱品种的高密度分子标记辅助聚合育种方法，其特征在于：

步骤（2）中所述的核心系谱品种需要引入的外源片段信息，分以下情况：

A、对于某个具体的性状，品种表型指标与核心系谱品种基本一致，遗传差异较大；对于这种情况，通过杂交重组，引入其他品种的外源片段，与核心系谱品种的片段进行组合，产生累加效应，强强联合，形成性状更优良的品种；

B、对于某个具体的性状，品种表型指标优于核心系谱品种，遗传差异程度较小；对于这种情况，品种存在效应很强的片段，使得性状表现优于核心系谱品种，通过找出该品种与核心系谱品种存在差异的片段，通过杂交重组，将该片段引入到核心系谱品种中；

C、对于某个具体的性状，品种表型指标优于核心系谱品种，遗传差异程度较大；对于这种情况，品种单个片段的效应或者片段的组合显著优于核心系谱品种，通过杂交重组，将优势片段和组合大规模引入到核心系谱品种中。

3.根据权利要求1或2所述的基于核心系谱品种的高密度分子标记辅助聚合育种方法，其特征在于：

所述的核心系谱品种为华南水稻核心系谱品种“黄华占”及其衍生品种。

4.根据权利要求3所述的基于核心系谱品种的高密度分子标记辅助聚合育种方法，其特征在于：所述的黄华占衍生品种为黄广油占。

5.根据权利要求3所述的基于核心系谱品种的高密度分子标记辅助聚合育种方法，其特征在于：

步骤（2）中所述的结合性状关联的基因组区段信息为黄华占系谱基因组区段信息。

6.根据权利要求1或2所述的基于核心系谱品种的高密度分子标记辅助聚合育种方法，其特征在于：

步骤（4）中所述的F2群体大批量种植的群体大小为4000～10000株，根据亲本遗传差异大小和拟导入多少个目标性状而定。

7.根据权利要求1或2所述的基于核心系谱品种的高密度分子标记辅助聚合育种方法，其特征在于：

步骤（4）中所述的对F2进行筛选时，每个外源片段内部挑选1个SNP标记。

8.根据权利要求1或2所述的基于核心系谱品种的高密度分子标记辅助聚合育种方法，其特征在于：

步骤（6）中所述的优质株的群体大小为10～50株。