[发明专利]支持SIMD的序列比对方法及装置

权利要求书

1.一种支持SIMD的基因序列比对方法包括：

s1)根据查询基因序列和参考基因序列的长度确定得分矩阵的行数和列数；

s2)根据指定的宽度值确定得分矩阵在行方向和列方向上的扩展区间；

s3)在查询基因序列和参考基因序列的比对过程中，确定得分矩阵在所述扩展区间内相应各元素的得分，同时将处于扩展区间之外的元素全部设为零；

s4)根据所获得的得分矩阵获取查询基因序列相对于参考基因序列的局部最大相似基因片段。

2.根据权利要求1所述的方法，还包括根据下述公式判断是否执行步骤s1)-s4)：

其中a的值等于或略小于要用于执行所述方法的处理器中向量寄存器包含的元素个数，以保证采用所述方法的受益大于冗余计算增加的计算开销；m为查询基因序列的长度，w表示所述指定的宽度值；以及当上述公式成立时确定执行步骤s1)-s4)。

3.根据权利要求1所述的方法，其中所述扩展区间为[max(i-w,0)，min(i+w,n)]，其中n为参考基因序列的长度；w表示所述指定的宽度值，i为[-1,m]之间的整数，m为查询基因序列的长度。

4.一种计算机可读介质，其中存储有计算机程序，所述计算机程序在被执行时能够用于实现如权利要求1-3中任一项所述的方法。

5.一种基因序列比对装置，包括存储器和支持SIMD指令集的处理器，所述存储器中存储有计算机程序，所述计算机程序在被所述处理器执行时能够用于实现如权利要求1-3中任一项所述的方法。