[发明专利]结直肠癌诊断、筛查与风险预测的方法、标志物与试剂盒

说明书

本发明公开了诊断、筛查与预测男性结直肠癌发生的DNA甲基化标志物，所述标志物是基因RPS24转录起始点前后序列的如下三组CpG位点中第(1)组或者第(1)组与第(2)组或第(3)组组合发生甲基化：+22、+27和+29；(2)‑24、‑18、+89和+92；(3)+136，所述序列编号是基于SEQ ID NO.1中所示序列的编号，其中第143位转录起点开始的A为+1。本发明还公开了检测所述DNA甲基化标志物的探针、方法和试剂盒，以及利用上述DNA甲基化位点的数据预测男性结直肠癌发生风险的计算机模块。

技术领域

本发明涉及疾病检测领域；更具体而言，本发明涉及一种通过外周血细胞DNA甲基化检测进行结直肠癌诊断、筛查与风险预测的方法、标志物与试剂盒。

背景技术

我国结直肠癌发病率和死亡率分别位居所有肿瘤发病率和死亡率的第5位，对于癌症，早期筛查的意义远超治疗。常规的结直肠癌诊断的金标准是肠镜，但创伤性，心理感受较痛苦，病人普遍比较抗拒；便潜血试验则需要多次采样，会给病人带来很多不便，从而造成受检者筛查意愿降低，依从性差。肿癌标志物的血液学检查，具有无创、采样方便的特点，可以大大提高受检者的依从性。如果能够有方法对结直肠癌的发生或复发风险进行评估，对于结直肠癌的防治而言，无疑更具意义。

核糖体蛋白为核糖体重要组成部分之一，其在蛋白翻译过程中有重要作用。研究表明，核糖体蛋白异常能导致多种疾病的发生，如先天性再生障碍性贫血、肿瘤等，具体机制尚不清楚。

发明内容

发明人通过Sequenom MassARRAY甲基化DNA定量分析技术研究结直肠癌患者外周血细胞RPS24基因甲基化水平与结直肠癌发生的关联，探讨其与结直肠癌发生、作为早期筛查标志物的应用前景。

经过努力，发现了人的体液中基因RPS24转录起始点前后序列中的多个DNA甲基化位点与男性结直肠癌发生显著相关。

因此，在第一方面，本发明提供了预测男性结直肠癌发生的DNA甲基化标志物，所述标志物是基因RPS24转录起始点前后序列的如下三组CpG位点中第(1)组或者第(1)组与第(2)组或第(3)组组合发生甲基化：

(1)+22、+27和+29；

(2)-24、-18、+89和+92；

(3)+136，

所述序列编号是基于SEQ ID NO.1中所示序列的编号，其中第143位转录起点开始的A为+1。

在一个实施方案中，所述RPS24基因的核苷酸序列参见Genbank数据库(Gene ID:6229)。

在一个实施方案中，所述DNA甲基化标志物位于SEQ ID NO.1所示的核苷酸区段中。

在第二方面，本发明提供了用于检测本发明的DNA甲基化标志物的引物对，所述引物对扩增含有本发明第一方面中第(1)组；第(1)组和第(2)组；或第一组(1)和第(3)组的DNA甲基化标志物的序列。

在一个实施方案中，所述引物对为扩增SEQ ID NO.1的引物对。

在一个实施方案中，所述引物对为SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3。

在第三方面，本发明提供了一种检测本发明第一方面所述的DNA甲基化标志物的方法，所述方法包括

1)提取DNA样品，

2)对所述DNA样品进行亚硫酸盐处理，

3)用本发明第二方面所述的引物对扩增所述亚硫酸盐处理的样品，获得扩增产物，

4)对所述扩增产物进行消化(例如采用SAP酶)，

5)对所述消化后的扩增产物进行转录和酶切，