[发明专利]一种单细胞基因组拷贝数变异的检测方法及试剂盒在审
| 申请号: | 201810201022.2 | 申请日: | 2018-03-12 |
| 公开(公告)号: | CN108410970A | 公开(公告)日: | 2018-08-17 |
| 发明(设计)人: | 郭弘妍;田婕;邓莉莉;邢婉丽;程京;张怡然 | 申请(专利权)人: | 博奥生物集团有限公司 |
| 主分类号: | C12Q1/6869 | 分类号: | C12Q1/6869;C12Q1/6858;C40B50/06 |
| 代理公司: | 北京集佳知识产权代理有限公司 11227 | 代理人: | 张柳;赵青朵 |
| 地址: | 102206 北*** | 国省代码: | 北京;11 |
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| 摘要: | |||
| 搜索关键词: | 基因组拷贝 文库构建 试剂盒 生物技术领域 高通量测序 变异检测 操作过程 测序数据 分布差异 信息分析 正常区域 覆盖度 显著性 转座酶 检测 分辨率 测序 单管 检出 建库 扩增 游程 输出 检验 申请 污染 应用 统计 | ||
1.Tn5蛋白复合物,其特征在于,包括Tn5蛋白和oligo,所述oligo包括OligoA、Oligo5X和Oligo7X中的一种或两者以上的混合物;
其中,OligoA的核苷酸序列如SEQ ID No.1所示;
Oligo5X的核苷酸序列如SEQ ID No.2所示;
Oligo7X的核苷酸序列如SEQ ID No.3所示。
2.根据权利要求1所述的Tn5蛋白复合物,其特征在于,所述Oligo5X的核苷酸序列由核心序列和barcode序列组成,其中barcode序列位于Oligo5X核苷酸序列的第22位到第29位;所述Oligo7X的核苷酸序列由核心序列和barcode序列组成,其中barcode序列位于Oligo7X核苷酸序列的第28位到第35位。
3.根据权利要求1或2所述的Tn5蛋白复合物的制备方法,其特征在于,取OligoA、Oligo5X和Oligo7X混合后经90~98℃温浴3~6min后21~25℃放置1~3h。
4.根据权利要求3所述的Tn5蛋白复合物的制备方法,其特征在于,取OligoA、Oligo5X和Oligo7X混合后经94℃温浴5min后21~25℃放置1h。
5.组合物,其特征在于,包括片段化buffer、如权利要求1或2所述或如权利要求3或4所述制备方法制得的Tn5蛋白复合物、扩增buffer、通用引物、扩增酶中的一种或两者以上的混合物。
6.根据权利要求5所述的组合物,其特征在于,包括如下组分:
7.根据权利要求5或6所述的组合物,其特征在于,包括如下组分:50mM TAPS-NaOH(pH8.5,25℃),25mM MgCl2,50%v/v DMF。
8.根据权利要求5至7任一项所述的组合物在单细胞基因组文库构建或单细胞基因组测序中的应用。
9.一种试剂盒,包括如权利要求5至7任一项所述的组合物。
10.根据权利要求9所述的试剂盒在单细胞基因组文库构建或单细胞基因组测序中的应用。
11.如权利要求5至7任一项所述的组合物或如权利要求9所述的试剂盒的使用方法,其特征在于,以ng/μL计,取单细胞扩增产物预处理后与所述组合物按照质量体积比为(1~100):24混合,扩增;
所述扩增的程序为:
55℃,10min;72℃,3min;94~98℃,30s;
94~98℃,15s;60~62℃,30s;72℃,3min,13~18cycles;
72℃,5min;
16℃,保温。
12.单细胞基因组文库的构建方法,其特征在于,以ng/μL计取单细胞扩增产物预处理后与如权利要求5至7任一项所述的组合物或如权利要求9所述的试剂盒中的所述组合物按照质量为(1~100):24混合,扩增;
所述扩增的程序为:
55℃,10min;72℃,3min;94~98℃,30s;
94~98℃,15s;60~62℃,30s;72℃,3min,13~18cycles;
72℃,5min;
16℃,保温。
13.根据权利要求12所述的构建方法,其特征在于,所述扩增程序为:
55℃,10min;72℃,3min;98℃,30s;
98℃,15s;60℃,30s;72℃,3min,13~18cycles;
72℃,5min;
16℃,保温。
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