[发明专利]一种构建抗生素抗性基因数据库的方法有效
| 申请号： | 201810195831.7 | 申请日： | 2018-03-09 |
| 公开（公告）号： | CN108491692B | 公开（公告）日： | 2023-07-21 |
| 发明（设计）人： | 邓晔;魏子艳 | 申请（专利权）人： | 中国科学院生态环境研究中心;中国科学院大学 |
| 主分类号： | G16B50/10 | 分类号： | G16B50/10;G16B50/30;G16B30/00 |
| 代理公司： | 北京风雅颂专利代理有限公司 11403 | 代理人： | 张拥 |
| 地址： | 100085*** | 国省代码： | 北京;11 |
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| 摘要： | |||
| 搜索关键词： | 一种 构建 抗生素 抗性 基因 数据库 方法 | ||
1.一种构建抗生素抗性基因数据库的方法，其特征在于，包括以下步骤：
(1)在基因数据库GenBank搜索抗生素抗性基因对应的蛋白序列；
(2)选择具有精确注释信息和目标片段长度的无重复蛋白序列作为初始序列；
(3)采用ClustalW方法对初始蛋白序列进行多序列比对；
(4)以比对完成的序列构建该基因的蛋白保守位点隐马尔可夫模型，搜索GenBank蛋白数据库，得到全部具有该抗性基因蛋白保守位点的蛋白序列；
(5)根据搜索结果中序列的E值和GenBank蛋白数据库中序列的注释信息，去除高度同源序列和不符合要求的蛋白序列，其筛选标准如下：
①注释信息包含抗性基因名字；
②注释信息包含抗性基因产生耐药性的抗生素；
③注释信息包含抗性基因产生耐药性的主要作用机制；
④注释信息不存在推测蛋白(putative protein)和假定蛋白(hypotheticalprotein)；
⑤E值小于1e-5；
在符合④⑤的前提下，符合①或②或③则认为该序列为抗性基因对应的蛋白序列；
(6)对筛选得到的蛋白序列删除重复，添加物种注释信息；
(7)整合所有蛋白序列，完成抗生素抗性基因数据库的构建。
2.根据权利要求1所述的构建抗生素抗性基因数据库的方法，其特征是基于隐马尔可夫模型，通过已知序列的蛋白保守位点来搜索所有潜在的抗性基因对应的蛋白序列。
3.根据权利要求1所述的构建抗生素抗性基因数据库的方法，其特征在于筛选得到的蛋白序列符合E值的要求，且包含目标抗性基因的关键词注释信息及对应的物种信息。
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