[发明专利]与小麦根系性状相关的KASP标记及其应用

权利要求书

1.一种鉴定或辅助鉴定小麦根系表面积的方法，是检测待测小麦2B染色体210cM位置的基因的第15位脱氧核糖核苷酸的基因型是TT还是CC还是CT，根据所述待测小麦的基因型确定根系表面积：TT基因型的待测小麦的根系表面积大于CT或CC基因型的待测小麦；

所述TT基因型为2B染色体210cM位置的基因的第15位脱氧核糖核苷酸为T的纯合体；所述CT基因型为2B染色体210cM位置的基因的第15位脱氧核糖核苷酸为C和T的杂合体；所述CC基因型为2B染色体210cM位置的基因的第15位脱氧核糖核苷酸为C的纯合体；

所述2B染色体210cM位置的基因的核苷酸序列如序列4所示。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于：所述检测待测小麦2B染色体210cM位置的基因的第15位脱氧核糖核苷酸的基因型是TT还是CC还是CT的方法包括如下步骤：以待测小麦的基因组DNA为模板，采用KASP引物组进行PCR扩增，将所得扩增产物进行荧光信号扫描，根据所述荧光信号判断待测小麦2B染色体210cM位置的基因的第15位脱氧核糖核苷酸的基因型是TT还是CC还是CT。

3.根据权利要求2所述的方法，其特征在于：所述KASP引物组由上游引物F1、上游引物F2及下游引物R组成；

所述上游引物F1自5'端到3'端依次为FAM荧光序列和序列l第22-39位所示的单链DNA；所述上游引物F2自5'端到3'端依次为HEX荧光序列和序列2第22-39位所示的单链DNA；所述下游引物R为序列3所示的单链DNA。

4.根据权利要求3所述的方法，其特征在于：所述FAM荧光序列为序列1第1-21

位所示的单链DNA；所述HEX荧光序列为序列2第1-21位所示的单链DNA；

或，利用KlusterCaller^TM软件根据所述荧光信号判断基因型：若所述待测小麦的扩增产物的荧光信号数据经KlusterCaller^TM软件分析呈现蓝色，则所述待测小麦的基因型为TT；若所述待测小麦的扩增产物的荧光信号数据经KlusterCaller^TM软件分析呈现红色，则所述待测小麦的基因型为CC；若所述待测小麦的扩增产物的荧光信号数据经KlusterCaller^TM软件分析呈现绿色，则所述待测小麦的基因型为CT。

5.检测待测小麦2B染色体210cM位置的基因的第15位脱氧核糖核苷酸的基因型的物质在如下(al)-(a6)中任一种中的应用：

(al)鉴定或辅助鉴定待测小麦根系表面积；

(a2)制备鉴定或辅助鉴定待测小麦根系表面积的产品；

(a3)选育小麦根系优良品种；

(a4)制备选育小麦根系优良品种的产品；

(a5)小麦育种；

(a6)制备小麦育种的产品；

所述2B染色体210cM位置的基因的核苷酸序列如序列4所示。

6.如下(b1)-(b3)任一所述的产品：

(bl)权利要求2中所述的KASP引物组；

(b2)含有(bl)所述的KASP引物组的PCR试剂；

(b3)含有(bl)所述的KASP引物组或(b2)所述的PCR试剂的试剂盒。

7.权利要求6所述的产品在如下(cl)-(c3)中任一种应用：

(cl)鉴定或辅助鉴定待测小麦根系表面积；

(c2)选育小麦根系优良品种；

(c3)小麦育种。

8.一种选育小麦根系优良品种的方法，包括选择TT基因型的小麦品种进行育种的步骤：所述TT基因型为2B染色体210cM位置的基因的第15位脱氧核糖核苷酸为T的纯合体；所述2B染色体210cM位置的基因的核苷酸序列如序列4所示。

9.根据权利要求5或7所述的应用或权利要求8所述的方法，其特征在于：所述小麦根系优良品种是指根系表面积≥25.95cm²的小麦品种。

10.一种与小麦根系表面积关联的分子标记，其特征在于：所述分子标记为小麦2B染色体210cM位置的基因；所述小麦2B染色体210cM位置的基因的核苷酸序列如序列4所示，在该序列第15bp位点存在C/T变异。