[发明专利]一种鉴定控制白菜叶片低温黄化性状形成的SNP分子标记及其应用

说明书

本发明公开了一种鉴定控制白菜叶片低温黄化性状形成的SNP分子标记及其应用。本发明提供的SNP位点为白菜基因组中的序列表中序列4自5’端第300位核苷酸，为T/G多态。本发明通过白菜F₂群体的QTL定位，获得了1个与白菜低温黄化紧密连锁的主效QTL，进一步在此区间发开出1个与白菜低温黄化紧密连锁的SNP标记，通过对F₂群体1881个单株验证发现标记的准确率能达到95.9％，该标记完全可用于白菜耐低温分子标记辅助育种。本发明获得的分子标记在实际应用中成本低、通量高、特异性高，为加速白菜耐低温育种提供了高效的辅助育种方法和技术。

技术领域

本发明涉及生物技术领域，具体涉及一种鉴定控制白菜叶片低温黄化性状形成的SNP分子标记及其应用。

背景技术

叶绿素是光合作用过程中最主要的色素之一，对植物的生长发育具有重要作用，但是游离叶绿素及其前体会对植物细胞造成光氧化伤害，因此植物在漫长的进化过程中形成了一系列复杂的机制来精确调控叶绿素的生物合成，使其能够适应不断变化的生理生化状态以及外界环境，从而产生白化、黄化、常绿、深绿、淡绿、斑马和条纹等不同类型的叶色突变体。白化是最常见的叶色突变之一，其产生的机制涉及到很多调控代谢途径，并受到自身基因和外部环境的共同作用，目前已报道的白化突变体多是由叶绿素合成受阻所引起。在众多白化突变体中，有一些白化现象与温度密切相关。安吉白茶的嫩芽在低于15℃时，叶绿素合成受阻而发生白化，一旦温度上升至20℃以上，白化嫩芽就会重新变回绿色。低温诱导的白化突变体在水稻中也普遍存在，通过遗传连锁分析定位并克隆了一个位于9号染色体上的PPR基因和位于11号染色体短臂上40.3kb区域内的lta1基因。

在十字花科作物中，关于低温诱导叶色突变体的研究鲜有报道。利用与目标性状连锁的分子标记进行标记辅助选择是在遗传育种中十分有效的方法，分子标记是在DNA水平上对目标性状进行选择，具有高效、快速、不受环境影响等优点，可以在幼苗期进行选择，加快育种进程。SNP属于新一代分子标记，具有丰度高、检测易实现自动化等特点。不同物种全基因组的序列测定及比较表明，SNP在基因组上的分布极其丰富；SNP突变率低，尤其处于编码区的SNP是高度稳定的，其遗传稳定性要比SSR等遗传标记高得多，遗传分析或基因诊断时的重现性、准确性都优于SSR。

基于KASP(竞争性等位基因特异性PCR)的SNPline基因分型检测是英国LGC(Laboratory of the Government Chemist)有限公司开发的高通量SNP分型技术，其具有准确、灵活、低成本、高通量的特点，目前已经成为国际上SNP分析的主流方法之一。该方案的核心是KASP技术，即Competitive Allele-Specific PCR。这项技术是基于引物末端碱基的特异匹配来对SNP分型以及检测InDels(Insertions and Deletions，插入和缺失)。

发明内容

本发明的目的是提供一种鉴定控制白菜叶片低温黄化性状形成的SNP分子标记及其应用。

本发明首先提供检测大白菜基因组中A05-13595848T/G位点的多态性或基因型的物质在(1)-(5)任一中的应用：

(1)鉴定或辅助鉴定大白菜低温抗性；

(2)筛选或辅助筛选耐低温大白菜品种；

(3)制备鉴定或辅助鉴定大白菜低温抗性的产品；

(4)制备筛选或辅助筛选耐低温大白菜品种的产品；

(5)大白菜育种。

所述检测大白菜基因组中A05-13595848T/G点的多态性或基因型的物质包括由引物1、引物2和引物3所组成的引物组；

所述引物1为如下a1)或a2)：

a1)序列1所示的单链DNA分子；