[发明专利]一种林奇综合征相关基因变异的检测方法

说明书

本发明提供了一种高准确度、高特异性且能够覆盖林奇综合征致病基因所有外显子区域基因变异的检测方法，该方法可以同时检测林奇综合征基因的点突变、插入缺失和拷贝数变异等变异情况。本发明的基本方案是从血液中提取DNA，将其片段化后构建文库，利用本发明提供的林奇综合征致病基因探针捕获目的序列，然后进行高通量测序，分析找出这些基因相关的突变信息，从而得到个体的林奇综合征相关基因变异情况。

技术领域

本发明涉及生物技术领域，尤其涉及一种林奇综合征相关基因变异的检测方法。

背景技术

林奇综合征（Lynch Syndrome，LS）是一种常染色体显性遗传病（外显率为90%），约占所有结直肠癌的2％～5％，曾称为遗传性非息肉性结直肠癌（Hereditary nonpolyposiscolorectal cancer, HNPCC)，该综合征定义为由错配修复（MMR）基因突变引起的个体对结直肠癌及某些其他癌症（如子宫内膜癌、胃癌）的遗传易感性增高。

LS根据临床表现可分为两大类型：LS I型：一般结直肠癌是唯一的恶性肿瘤；LSII型：除结直肠癌外，合并有HNPCC相关肠外恶性肿瘤。即该病征患者的临床特征是发病年龄较早的结直肠肿瘤以及发生其他肿瘤的危险性增加，包括子宫内膜癌、胃癌、卵巢癌、尿道肿瘤、肝胆肿瘤、胰腺癌和小肠癌。林奇综合征患者一生中患结直肠癌的可能性约为80％，而且其结直肠癌发病年龄早，平均诊断年龄约45岁，明显低于正常人群发生结直肠癌的平均年龄（60岁）。林奇综合征患者在其一生中很容易发生多处原发肿瘤，54％～6l％的患者会发生第二种原发肿瘤，15％～23％的患者会发生三种或更多的原发肿瘤。如果林奇综合征患者在发现第一处大肠癌时未进行结肠次全切除术或全切术，那么其在10年内发生另一处原发性大肠癌的几率大概为25％～30％。虽然这类患者容易出现多发原位大肠癌，但是其生存率却明显高于其他的结直肠癌患者。

目前认为林奇综合征的诊断金标准为：经分子遗传学检测在错配修复基因中发现致病性种系突变。MMR胚系突变导致微卫星不稳定（microsatellite instablity, MSI），MMR蛋白丢失，从而影响DNA的错配修复功能，增加了细胞癌变的风险。这些MMR基因突变以常染色体显性方式遗传,主要包括MLH1、MSH2、MSH6、PMS2及EPCAM基因突变,其中MLH1和MSH2突变约占检出的种系突变的90％，MSH6突变约占7％～10％，PMS2突变占不到5％。

研究发现约有1/4的结直肠癌的发生具有家族聚集倾向，其中有5%的结直肠癌患者携带已知的遗传缺陷。美国癌症联合会（AJCC）建议所有的结直肠癌患者入院后均应做LS基因检测，阳性患者直系亲属做相应的MMR基因检测，对于存在基因突变的亲属及时给予健康干预，加强监测可降低结肠癌和其他癌症的发病率和死亡率，做到早预防、早治疗。

发明内容

本发明提供了一种准确度高的林奇综合征相关基因变异的检测方法。

实现本发明目的一种林奇综合征相关基因变异的检测方法，包括探针序列的设计合成、试剂盒检测方法和数据分析流程如下。

所述探针序列的设计合成包括如下步骤。

1、获取基因MLH1，MSH2，MSH6，PMS2，EPCAM的外显子序列；

2、对每个区域中非重复区域设计80～100bp的探针序列，每个序列沿着基因位置挪动设计，探针之间的挪动大小3bp。

3、合成覆盖林奇综合征基因所有外显子的探针序列，所述探针序列为SEQ IDNO.1～SEQ ID NO.170。

所述试剂盒检测方法包括如下步骤。

1、DNA提取，抽取2～5ml样本，提取待检测样本中的基因组DNA。

2、DNA片段化，超声将DNA打断成约230bp左右大小。