[发明专利]与大豆种子油分含量相关的SNP标记、区间、引物及应用

说明书

本发明属于大豆分子生物学技术领域，具体涉及一种与大豆种子油分含量相关的SNP标记、区间、引物及应用。所述SNP标记位于大豆第18号染色体的43173920位，所述SNP标记的核苷酸为A或T；所述标记序列的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示；所述标记区间是大豆第18号染色体的43163920位‑43183920位区间。该SNP标记属于共显性的标记，可靠且使用方便，这为大豆高油分品系选育提供了极大的便利，可应用于大豆种子油分组分改良中的分子标记辅助选择以及在种子油分含量相关基因的精细定位以及图位克隆中的应用，从而加速大豆种子油分含量性状的改良进程。

技术领域

本发明属于大豆分子生物学技术领域，具体涉及一种与大豆种子油分含量相关的SNP标记、区间、引物及应用。

背景技术

大豆是重要的油料作物，其油脂是食品业、工业深加工以及医疗保健药品的重要来源。大豆油脂中不饱和脂肪酸含量高达85%，其中亚油酸和亚麻酸是人体必需脂肪酸，具有降低血清胆固醇和甘油三酯及软化血管等重要生理功能，被营养学家称之为“安全脂肪酸”。关于大豆油分表型鉴定的研究早有报道。大豆种质资源油分含量及脂肪酸组分存在广泛的遗传变异。科学工作者测定了18840份大豆种质资源的油分含量，油分含量在15.10%～20.00%之间的种质居多为92.40%，油分含量小于15.10%或大于20.00%的特异种质较少为7.60%，遗传多样性指数为2.61。种质资源油分表型鉴定，为种质创新与育种奠定了基础，但种质较多、数据量较大且缺乏脂肪酸组成分级评价，不利于高油种质的利用。

近十余年，伴随测序技术的发展，使研究者对大豆基因组有了较全面的认识。对17株野生大豆和14株栽培大豆的基因组重测序研究表明，发现了630多万个SNPs，分析表明，大豆存在较高程度的连锁不平衡（linkage disequilibrium，LD），有利于对目标性状进行关联分析。1996年，首次利用LD定位了躁郁症相关基因。关联分析是LD应用的一种，其检测的是某群体内处于LD状态的一些标记或候选基因的遗传变异与特定表型显著关联的频率是否比期望的高。目前关联分析已广泛应用于植物研究，如大豆籽粒蛋白质含量，水稻氨基酸组分，黑小麦铝毒抗性等。近年利用关联分析法开发目标性状功能标记，已成为分子生物学研究的热点之一。分子标记辅助选择可显著提高种子油分含量遗传改良进程。

迄今为止，通过连锁分析对大豆种子油分含量相关基因进行数量性状基因位点(Quantitative trait locus，QTL)定位研究的较多，现发现100余个大豆种子油分含量相关QTL，主要分布在F、G、M、C2、I等连锁群上，相关的作用机理及其应用研究还尚未充分进行。然而并未发现与大豆种子油分含量性状相关的SNP（Single nucleotidepolymorphism，单核苷酸的多态性）分子标记，给大豆种子油分含量性状的遗传改良和分子标记辅助选择育种带来了困难。

发明内容

本发明提供的一种与大豆种子油分含量相关的SNP标记、区间、引物及应用，该SNP标记与大豆种子油分含量性状密切相关，可以更有效反应大豆种子油分含量，可用于大豆分子标记辅助选择育种和遗传改良，显著提高种子油分含量较大材料的选择效率。

本发明的第一个目的是提供一种与大豆种子油分含量相关的SNP标记，所述SNP标记位于大豆第18号染色体的43173920位，所述SNP标记的核苷酸为A或T。

本发明的第二个目的是提供一种含有所述的与大豆种子油分含量相关的SNP标记的标记序列，所述标记序列的核苷酸序列如SEQ ID NO. 1所示。

本发明的第三个目的是提供一种含有所述的与大豆种子油分含量相关的SNP标记的标记区间，所述标记区间是大豆第18号染色体的43163920位-43183920位区间区间。

本发明的第四个目的是提供一种扩增所述的标记序列的引物，所述引物为：