[发明专利]一种同步检测23个基因位点的五色荧光STR分型方法及其专用试剂盒

说明书

本发明公开了一种同步检测23个基因位点的五色荧光STR分型方法及其专用试剂盒，该方法包括如下步骤：以待测个体的基因组DNA为模板，采用试剂盒进行PCR扩增，获得PCR扩增产物；取PCR扩增产物，变性，然后毛细管电泳检测，得到待测个体的基因组DNA的23个基因位点的基因型，进而获得待测个体的STR分型结果。试剂盒包括引物对组合，组成引物对组合的46条引物的核苷酸序列依次如序列表中序列1至46所示，每个引物对中的一条引物的用荧光标记。试剂盒具有极高的个体识别力，稳定性，兼容白种人﹑黄种人、黑种人及棕种人的基础标准等位基因位点，且适合中华民族群体的个体识别和亲缘鉴定。本发明具有重大的应用价值。

技术领域

本发明属于生物技术领域，具体涉及一种同步检测23个基因位点的五色荧光STR分型方法及其专用试剂盒。

背景技术

短串联重复序列(short tandem repeat，STR)是一类广泛存在于真核生物基因组中的分子遗传标记，属于第二代遗传标记。在人类基因组中，大约每6-10kb就有一个STR位点，它们占人类基因组总量的10％。这些STR通常由2-6个碱基组成串联重复单元，由于重复单元及重复次数的不同，它们在不同种族、地域的人群中显示出较大的差异性，表现为遗传多态性。与其它遗传标记相较，STR遗传标记不仅信息量大，在不同个体间差异大、多态性高、片段较小，易于扩增，尤其适用于一些微量或降解检材。因此，基于STR的扩增检测技术被广泛应用于法医个体识别、亲权鉴定、群体遗传学分析及人类DNA数据库的构建等。

最早应用于法医学领域的是人类常染色体STR，至今国内外已有比较成型的扩增、检测试剂盒及相关技术路线，扩增位点数目不断增加。同时，常染色体STR数据库的建成，为案件侦破及罪犯特征刻画提供了条件。然而，对于案发现场提取的混合斑，常染色体STR往往显示出不足。Y-STR是对常染色体STR的重要补充，它们呈现稳定的父系遗传，在混合斑中男性成分的个体识别、父系男性亲属的亲权鉴定等方面具有特殊的应用价值。此外，利用Y-STR在一个家系中的保守特性，案件侦查中，可以方便地利用它快速锁定嫌疑人所在家系，所谓“以Y找群”，为侦查提供重要线索。如今，Y-STR在家系排查、男女混合样品中男性成分的检测等方面越来越展现出无可替代的独特价值，并在公安办案实践中屡立奇功。

正因STR所具备的应用前景，法医界以及一些公司均对其进行了大规模的开发性研究，尤其上世纪90年代美国FBI选择了13个常染色体STR基因位点(包括CSF1PO、D3S1358、D5S818、D7S820、D8S1179、D13S317、D16S539、D18S51、D21S11、FGA、TH01、TPOX和vWA)用于建立DNA数据索引系统(Combined DNA Index System，CODIS)，且被多个国家的DNA数据库或技术型公司在其基础上借鉴和发展。目前市场上的主流试剂盒有国外ABI的Identifiler^TM和Sinofiler^TM，Promega的PowerPlex 16和PowerPlex 21；相较国外，国内起步晚，发展相对滞后，国内在该技术领域仍然以5色荧光标记为主，难以容纳更多的位点数，且大多数试剂盒都是在早期13个CODIS位点的基础上增加适合国内人群的少数几个位点，如基点认知公司的Goldeneye 20A(20个位点)、阅微基因的MicroReaderTM 21D(21个位点)、中德美联公司的AGCU Expressmarker 22(22个位点)和宁波海尔施基因科技有限公司的STRtyper-21G(21个位点)等。这些试剂盒大多采用五色荧光标记，而容纳的位点数少，此外，人群适用范围不广泛，检测灵敏度不高。随着能容纳的位点数更多，且欧洲等国家也纷纷提出自己的标准核心位点，各技术型公司也不满足于试剂盒的兼容性，如在该领域处于国际领先地位的美国AB公司推出的试剂盒GlobalFiler(24个位点)不仅包含了近年来拓展后的新CODIS位点，还兼容欧洲标准核心位点使该试剂盒更适合欧美人，Huaxia^TM Platinum(25个位点)兼容了新CODIS位点及公安建库位点，适合美国和中华民族群体。