[发明专利]一种同步检测28个基因位点的六色荧光STR分型方法及其专用试剂盒

说明书

本发明公开了一种同步检测28个基因位点的六色荧光STR分型方法及其专用试剂盒，该方法包括如下步骤：以待测个体的基因组DNA为模板，采用试剂盒进行PCR扩增，获得PCR扩增产物；取PCR扩增产物，变性，然后毛细管电泳检测，得到待测个体的基因组DNA的28个基因位点的基因型；根据28个基因位点的基因型获得所述待测个体的STR分型结果。试剂盒包括引物对组合，组成引物对组合的56条引物的核苷酸序列依次如序列表中序列1至56所示，每个引物对中的一条引物的用荧光标记。该试剂盒兼容了众多国家的人类DNA数据库标准等位基因位点，不仅适用于中华民族群体，更适合全球众多国家。本发明具有重大的应用价值。

技术领域

本发明属于生物技术领域，具体涉及一种同步检测28个基因位点的六色荧光STR分型方法及其专用试剂盒。

背景技术

短串联重复序列(short tandem repeat，STR)是一类广泛存在于真核生物基因组中的分子遗传标记，属于第二代遗传标记。在人类基因组中，大约每15-20kb就有一个STR位点，它们占人类基因组总量的10％。这些STR通常由2-6个碱基组成串联重复单元，由于重复单元及重复次数的不同，它们在不同种族、地域的人群中显示出较大的差异性，表现为遗传多态性。与其它遗传标记相较，STR遗传标记不仅信息量大，在不同个体间差异大、多态性高、片段较小，易于扩增，尤其适用于一些微量或降解检材。因此，基于STR的扩增检测技术被广泛应用于法医个体识别、亲权鉴定、群体遗传学分析及人类DNA数据库的构建等。

最早应用于法医学领域的是人类常染色体STR，至今国内外已有比较成型的扩增、检测试剂盒及相关技术路线，扩增位点数目不断增加。同时，常染色体STR数据库的建成，为案件侦破及罪犯特征刻画提供了条件。然而，对于案发现场提取的混合斑，常染色体STR往往显示出不足。Y-STR是对常染色体STR的重要补充，它们呈现稳定的父系遗传，在混合斑中男性成分的个体识别、父系男性亲属的亲权鉴定等方面具有特殊的应用价值。此外，利用Y-STR在一个家系中的保守特性，案件侦查中，可以方便地利用它快速锁定嫌疑人所在家系，所谓“以Y找群”，为侦查提供重要线索。如今，Y-STR在家系排查、男女混合样品中男性成分的检测等方面越来越展现出无可替代的独特价值，并在公安办案实践中屡立奇功。

正因STR所具备的应用前景，法医界以及一些公司均对其进行了大规模的开发性研究，尤其上世纪90年代美国FBI选择了13个常染色体STR基因位点(包括CSF1PO、D3S1358、D5S818、D7S820、D8S1179、D13S317、D16S539、D18S51、D21S11、FGA、TH01、TPOX和vWA)用于建立DNA数据索引系统(Combined DNA Index System，CODIS)，且被多个国家的DNA数据库或技术型公司在其基础上借鉴和发展。其中最具代表的为美国ABI(Applied Biosystems，USA)的五色荧光试剂盒Identifiler和Promega(USA)四色荧光标记试剂盒PowerPlex-16，它们都是在上述13个CODIS位点的基础上发展的。

但是随着DNA作为鉴定手段的应用越来越广泛，用户对试剂盒的基因位点数目、信息量、扩增时间、检材的适用范围等等有了越来越高的要求，并随着我国DNA数据库建设规模的不断扩大，数据比对的作用也日益重要，由于数据比对是建立在相同的STR基因位点上的，因此也需要STR试剂盒在基因位点上具有兼容性，否则会导致DNA数据库里部分的数据资源浪费。因此，增加在种族间兼容性好的检测基因位点数目，从而增加分辨率，提高检测效率及试剂盒的兼容性是STR荧光标记试剂盒发展的一大要求。