[发明专利]一种水稻粒型基因OsSNB的分子标记用于大粒水稻的辅助选择育种

说明书

本发明涉及水稻粒型基因OsSNB的分子标记及其应用，应用分子标记OsSNB_indel辅助选育大粒水稻的方法是以水稻基因组DNA为模板，OsSNB_indel为引物进行PCR扩增，通过1％的琼脂糖凝胶电泳检测扩增产物，如果有441bp的单条带，则表示该检测样品含有大粒品种IRAT109的等位基因型；如果有215bp的单条带，则表示该检测样品基因型为日本晴等位基因；如果有215bp和441bp两条带，则表示该检测样品为OsSNB杂合基因型。该标记通过序列差异设计不存在遗传交换，准确性高；直接用于琼脂糖凝胶电泳检测，更为简便；为共显性标记，可以检测纯合和杂合个体，缩短育种周期，提高效率。

技术领域

本发明涉及分子遗传学领域，具体涉及一个水稻粒型基因OsSNB的分子标记及其应用的分子标记及其用于大粒水稻的辅助选择育种。

背景技术

水稻作为最重要的粮食作物，全世界超过一半以上的人口以水稻为主食，水稻产量构成因素包括单位面积上的穗数、每穗粒数(每穗颖花数)、结实率和粒重四个基本因素构成，而粒重的主要由粒长、粒宽、粒厚等因素决定。因此，选育和种植大粒水稻品种提高水稻粒重是提高水稻产量的重要途径之一。所以挖掘、利用大粒基因改良水稻粒型是提高水稻产量的重要途径。

水稻粒型是典型的数量性状，受多基因控。分子标记辅助选择是一种利用与粒型基因紧密连锁标记或者基因内功能标记，在后代中结合基因型和表型鉴定对目标性状进行选择的现代育种技术。该方法不仅可大大缩短育种年限，提高育种效率，而且还节约了大量的人力、物力成本。OsSNB大粒等位基因型来源于少数粳稻品种，位于水稻第7号染色体，目前生产上大面积使用的品种均为小粒品种日本晴等位基因型，因此在改良水稻粒型，提高水稻产量方面有很大的应用价值，开发OsSNB基因的功能性标记对充分利用该基因，进一步改良水稻粒型、提高水稻产量有着重要意义。

发明内容

本发明要解决的技术问题是提供水稻粒型基因OsSNB的分子标记、及其其的正反引物与应用。

为了解决上述技术问题提出的技术方案是提供水稻粒型基因OsSNB的分子标记用于大粒水稻的辅助选择育种，所述分子标记编号为OsSNB_indel，其特征在于，所述分子标记OsSNB_indel的正反向引物序列为：

OsSNB_indel F：5’-TAATACACCCTACATACACAAAACCA-3’；

OsSNB_indel R：5’-GTGAGGGAGACGAAGGGTAT-3’。

进一步的方案是，所述分子标记OsSNB_indel用于水稻粒型基因OsSNB单倍型的鉴定。

进一步的方案是，所述用于水稻粒型基因OsSNB的分子标记辅助选择育种包括以下实验步骤：

i、提取供试水稻样品基因组；

ii、利用所述分子标记OsSNB_indel的正反引物组合对步骤i中所提取基因组进行PCR扩增，获得扩增产物；

iii、通过1％的琼脂糖凝胶电泳检测所述扩增产物，当有215bp的单条带，则表示所述样品为日本晴等位基因型；当有441bp的单条带，则表示所述样品含有大粒品种IRAT109等位基因型；当有215bp和441bp两条带，则表示所述样品为OsSNB基因杂合。

进一步的方案是，在相应的基因组位置上下游300bp内合成成对引物，所扩增出序列片段包含所述水稻粒型基因OsSNB的分子标记。

本发明的有益效果是：

本发明通过利用核苷酸序列差异设计OsSNB基因的功能分子标记，不存在遗传交换，准确性高；由于扩增片段差异较大可直接用于琼脂糖凝胶电泳检测，更为简便；为共显性标记，可以检测纯合和杂合个体，缩短育种周期，提高效率。

附图说明