[发明专利]用于确定头颈部鳞状细胞癌的方法

权利要求书

1.用于检测和/或预后头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)的方法，所述方法包括以下步骤：

(i)从个体获得分离的生物样品；

(ii)从所述样品纯化基因组DNA；

(iii)用亚硫酸氢盐，优选地亚硫酸氢钠，处理所述基因组DNA；

(iv)在步骤(iii)之后，通过使用至少一个引物对来扩增所述基因组DNA，所述引物对允许扩增选自以下的至少一个基因的基因组DNA区域的至少一个序列：EPHX3、KIF1A、LRRTM1、FLI1、ITGA4、LINC00599、NTM、PARP15、ZAP70、miR193、miR296、GP1BB、hTERT及其任何组合，所述序列包含至少一个CpG和/或CpG岛；

(v)测量落入根据步骤(iv)扩增的并且属于以下基因集的序列中的至少一个CpG和/或CpG岛的甲基化水平：

a)人类TERT和KIF1A；和/或

b)LRRTM1、PARP15、ZAP70、miR193、miR296、hTERT；和/或

c)KIF1A、LRRTM1、ZAP70、miR193、miR296、hTERT；和/或

d)KIF1A、LRRTM1、FLI1、LINC00599、PARP15、ZAP70、miR193、miR296、GP1BB、hTERT；和/或

e)EPHX3、KIF1A、LRRTM1、FLI1、ITGA4、LINC00599、NTM、PARP15、ZAP70、miR193、miR296、GP1BB、hTERT，

其中落入所述集的以下基因：EPHX3、KIF1A、LRRTM1、FLI1、ITGA4、LINC00599、NTM、PARP15、ZAP70、miR193中的至少一个的序列中的所述至少一个CpG和/或CpG岛的超甲基化和/或落入所述集的以下基因：miR296、GP1BB、hTERT中的至少一个的序列中的所述至少一个CpG和/或CpG岛的低甲基化指示HNSCC阳性样品，其中所述超甲基化和/或所述低甲基化是与从健康个体分离的样品中测量的甲基化水平相比来评估的。

2.根据权利要求1所述的方法，其中所述HNSCC是在口、鼻和喉中发展的任何肿瘤，优选地所述HNSCC为口腔鳞状细胞癌(OSCC)、或OSCC的前体，优选地高度鳞状上皮内病变(HG-SIL)、或口腔癌前病变(OPML)、或癌变场，其中所述OPML优选地选自：黏膜白斑病、黏膜红斑病、反吸烟性腭部病变、口腔扁平苔藓、口腔黏膜下纤维化(SMF)和盘状红斑狼疮。

3.根据权利要求1或2所述的方法，其中所述生物样品选自：来自口腔黏膜的刷或DNA口腔拭子、血浆、唾液或包含上皮细胞的任何样品，优选地来自口腔。

4.根据权利要求1-3中任一项的所述方法，其中经历步骤(iii)的基因组DNA的量范围为从50ng至10μg，优选地从250ng至1μg。

5.根据权利要求1-4中任一项所述的方法，其中亚硫酸氢盐处理包括DNA变性步骤和使所述变性的DNA与范围为从2.3 M至3.6 M的量的亚硫酸氢盐在范围为从45℃至60℃，优选地从50℃至55℃的温度反应至少一小时的步骤。

6.根据权利要求1-5中任一项所述的方法，其中所述基因组DNA区域选自：基因的调节区域，优选地基因启动子、5'UTR、3'UTR、和编码区域，优选地外显子和/或内含子和/或岸。

7.根据权利要求1-6中任一项所述的方法，其中扩增步骤(iv)包括1)扩增所述基因组DNA区域的所述至少一个序列的第一模板特异性扩增步骤；和2)用于条形码化模板特异性扩增产物和样品识别的第二扩增步骤。

8.根据权利要求1-7中任一项所述的方法，其中所述模板特异性扩增步骤使用多重策略来进行。